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本实验采用RGA（Resistance gene analogs）策略,根据已经克隆的甜瓜抗枯萎病基因Fom-2和番茄抗枯萎病基因I2C以及黄瓜抗病基因同源序列设计了22条上游引物和17条下游引物,组成165对引物组合,用PCR方法对西瓜基因组DNA进行抗枯萎病基因相关同源序列的筛选。86对引物组合在抗枯萎病亲本PI296341和感病亲本97103之间扩增出多态性,多态性比例为52%。其中引物组合SF2/SR10扩增出的约700bp的多态性片段RGA210-700a和SF12/SR5扩增出的约500bp的多态性片段RGA125.500a与西瓜Fom-1基因连锁,分别位于Fom=1基因的两翼,遗传距离分别为25cM和27cM。引物组合SF17/SR14、SF17/SR5、SF18/SR14和SF18/SR5在双亲间的扩增结果没有多态性,但仅扩增出一条单一的条带,大小与在甜瓜Fom-2基因上模拟PCR得到的片段完全一致。共20条目标片段被成功克隆测序,将克隆到的抗病基因同源序列进一步确认后,登录到GenBank。聚类分析将20条序列分为3组,除175S4n外,其他序列所编码的氨基酸序列均含有NBS类抗病基因的P-loop、Kinase2以及Kinase3a等3个保守区域,并与已经克隆的植物抗病基因特别是抗枯萎病基因有较高的同源性。其中7条RGA序列具有完整的ORF,不含有终止密码子,可以通读a从携带Fom-1和Fom-2基因的西瓜种质PI296341上获得的RGA序列1714R3和175R1所编码的氨基酸序列与甜瓜抗枯萎病基因Fore-2同源性高达62.3%和72.5%,并含有P-loop、Kinase2和Kinase3a等3个保守结构域,而且不含有终止密码子,这两条序列对于西瓜抗病枯萎病基因的定位与克隆具有重要的价值。可以根据分别从抗病亲本和感病亲本上获得的RGA序列之间的碱基差异位点设计特异引物,获得与抗病基因紧密连锁的分子标记,从而应用于MAS,加速育种进程。