我国建筑运行部门碳排放快速增长。为了降低建筑运行部门碳排放,北京、上海碳交易试点将建筑运行部门纳入了碳交易体系,在运行过程中展现了成效也表现出了不足。建筑运行部门是否适合纳入碳交易制度,碳交易制度在建筑运行部门如何更好的开展,是本文研究的主要问题。本文回顾了碳交易制度的已有理论和发展现状,指出“直接碳排放”和“间接碳排放”这一组概念往往被误用。建议使用“直接碳排放”和“碳排放责任分摊”的概念架构予以替代,从而区分“物理意义上的直接碳排放”、“企业承担的碳排放责任”和“赋予企业的碳排放权利”三类概念。本文重点介绍了北京、上海碳交易试点建筑运行部门和能源部门的制度设计与运行状况,对多家典型控排单位进行了案例分析。分析表明目前碳交易制度运行中,由于碳排放责任划分和配额分配原则不明确,导致企业间排放强度缺少可比性,出现“鞭打快牛”、落后者反而得益等现象。从碳交易制度的有效性、公平性、科学性和可行性出发进行优化设计。本文提出了一种新的碳排放责任划分方法:碳排放基准责任法。其基本方法是按照行业平均值,建立各种产品的碳排放基准值,以此划分生产者和消费者的碳排放责任,高于基准值的部分的碳排放由生产者承担,消费者承担消费产品的基准值碳排放。针对建筑运行部门和能源部门的算例说明了新方法的适用性。