在高新技术产业开发区的研究领域，系统健康状态的评价研究是一个涉及到系统可持续发展的、全新的前沿课题，也是我国理论与实践比较薄弱的环节。本论文是依托国家社科基金项目一区域技术创新生态系统协调性评价研究(项目号：04BJY090)而展开的研究，在对国内外高新技术产业开发区相关研究现状及发展进行综述的基础上，收集1991-2005年我国国家级高新技术产业开发区15年发展历程的相关数据，运用生态系统健康理论与方法，对高新技术产业开发区系统健康的基本理论和基本方法进行了探讨。 阐述了应用生态系统健康理论与方法研究高新技术产业开发区健康的科学性与可行性，从生态学方法论特点和高新技术产业开发区健康发展相结合的角度，提出了如何应用生态系统健康理论与方法研究高新技术产业开发区健康状态的思路。 提出了高新技术产业开发区健康概念并进行了健康性内涵的逻辑研究。以高新技术产业开发区系统的稳定性、可持续性和整合性为目标，提出了包括高新技术产业开发区系统创新活力、组织结构、抵抗力在内的高新技术产业开发区健康评价理论。 提出了基于健康性理念的高新技术产业开发区系统评价指标体系，以及相应的评价方法，并对我国高新技术产业开发区健康性进行了实证研究。从整体上看，我国国家级高新技术产业开发区系统健康状况在不断改善，这主要得益于我国国民经济的迅猛发展，但与此同时也应该看到我国国家级高新技术产业开发区在创新活力上欠佳。 在高新技术产业开发区系统健康维护研究中，提出国家高新技术产业开发区应该重新审视自身的功能定位，实现功能的回归与提升，并通过高新技术产业开发区系统营养结构和形态结构的生态重组，借助鲁棒调节和多样性调节，实现高新区组织结构的多样性和复杂性的协调发展，加强我国高新技术产业开发区系统功能的建设与维护，提高系统创新活力，增强高新区系统抵抗力，使其真正承担起引领国家高新技术及其产业化发展的重任。