2007年,我国颁布并实施了《中华人民共和国农民专业合作社法》(以下简称《农民专业合作社法》)。但是随着经济社会的发展,《农民专业合作社法》逐渐难以适应实践发展的需要,为进一步完善该法,提高农民专业合作社的经济效益,笔者对山西省临汾市尧都区50家合作社的运行情况开展了实地调研,通过分析样本合作社在法人治理结构方面存在的问题,最终得出解决相应问题的法律对策。全文共分三个部分,主要内容如下:第一部分,对农民专业合作社在法人治理结构方面的相关理论进行了逐层分析。首先,阐释合作社的概念和特点。其次,厘清合作社法人治理的概念。最后,笔者根据现代法人理论,对合作社法人治理的三大内部机构进行了一一阐述。第二部分,以山西省临汾市尧都区的农民专业合作社为切入点,通过分析尧都区农民专业合作社在法人治理结构方面存在的问题来折射出我国合作社在此方面存在的问题。笔者从实践出发,以现有的法律制度为基础,通过问卷调查、实地访谈等形式,针对合作社三大内部机构——意思机构、执行机构和监督机构存在的各种问题进行了系统的梳理并分析了问题的成因。第三部分,完善我国《农民专业合作社法》中关于法人治理结构方面的立法。针对第二部分所反映的问题,有针对性的对《农民专业合作社法》中关于治理结构的规定提出修法建议。主要从四个方面阐述了修法对策,完善社员大会的法律制度,完善理事会的法律制度,完善监事会的法律制度以及完善农民专业合作社法人治理的外部法律环境。通过对内部和外部机制共同进行调节,最终使农民专业合作社做到为社员所拥有和控制。笔者希望,通过对山西省临汾市尧都区的合作社进行法律问题实证研究,可以为我国《农民专业合作社法》的修订起到抛砖引玉的作用。