在协同创新进入国家战略层面之际，越来越多的高校、科研院所，大型骨干企业强强联合，瞄准国家急需的战略性研究、科学技术尖端领域的前瞻性研究、涉及国计民生重大问题研究等重大项目，开展深度合作，资源共享，进行协同创新攻关。但目前对基于攻关项目的协同创新的绩效评价体系还不完善，没有一个可以进行评估比较的评价指标体系。科学合理的绩效评估有利于加强国家协同创新项目的有效进行，提高攻关项目品质，更好地带动我国经济高速发展。本文以攻关项目的协同创新绩效评价指标的设计以及评价方法的构建为核心。首先，阐述了攻关项目的协同创新绩效评价理论基础，其次，在设计评价指标体系过程中，运用逻辑框架法、平衡计分卡等方法建立指标体系框架。在大量查阅和研究国内外关于攻关项目的协同创新绩效评价指标和绩效评价方法的文献的基础上，结合相关专家的建议筛选指标。从协同创新合作伙伴配合度、协同创新能力和协同创新机制三个方面出发，建立起一套攻关项目的协同创新绩效评价指标体系。尝试性地将综合评价物元分析模型有效地应用到攻关项目的协同创新绩效评价中。拟建立起多重指标参数的评价模型，通过物元模型分析里的关联函数理论来进行相应评判，运用定量等级来表示绩效的评价结果，这样以来较大程度地避免了专家通过主观评价而造成的误差，且便于应用计算机进行科学规范的评价。本文应用物元分析法作主线，通过完整的案例分析来诠释层次分析法和物元模型相结合的这一过程。本文旨在对攻关项目的协同创新水平进行评价并提出的反馈性建议，为攻关项目管理的相关单位在审核攻关项目协同创新的效用上提供参考依据。该指标体系的构建简明扼要，能够抓住攻关项目协同创新实施过程中的主要问题，可为评估攻关项目的协同创新水平提供参考依据。也可以为协同创新主体提高协同绩效提供参考。