“推进国家治理体系和治理能力现代化”是新时代中国特色社会主义全面深化改革的总目标。高等教育作为全面深化改革的重要领域,应努力构建科学完备的高等教育治理体系。随着大学治理结构的不断优化与管理重心的下移,加强二级学院的科学治理成为重要课题,完善治理结构是提升二级学院治理能力的核心。本研究将理论研究与实证研究有机结合,运用文献分析法、问卷调查法、社会网络分析法和深度访谈法,对二级学院治理结构的实然状态展开研究。首先,遵循“二级学院——治理——二级学院治理——二级学院治理结构”的延伸路径对核心概念进行界定,并阐述了委托-代理理论、利益相关者理论和制度理论与二级学院治理的内在关系,分析了社会网络分析法与二级学院治理结构研究的内在契合。接着,基于三个二级学院对其治理结构进行了社会网络分析。研究发现:第一,总体来说高校二级学院治理主体间的整体联系紧密程度较为合理,权力运行较为顺畅,利于二级学院的科学治理和健康发展;第二,高校二级学院间的治理结构差别不大,具有较强的趋同性。从外部治理结构来看,受到来自校长、校党委、校学术委员会、教务处、研究生院等治理主体的较大影响;从内部治理结构来看,院长、院党委书记、院党政联席会和三类副院长在六类决策中的中心性位居前列,是学院中六项决策的主体决策力量。随后,在社会网络分析结果的基础上对二级学院治理结构展开访谈调查。研究表明:二级学院治理结构存在外部和内部两个方面的困境。外部治理困境主要集中在自上而下高度集中的管理体制和校院两级关系失当两方面,而内部治理困境大体包含治理主体角色定位不明确、治理权力配置不合理和治理权力间制衡效果不佳三方面。最后,在总结归纳出顶层制度体系匮乏、“学院办学”理念滞后、学院治理保障机制薄弱、学院治理文化缺失的困因基础上,提出了完善顶层设计,保障学院治理合法性、转变治理观念,突破传统校院关系、强化实施机制,保障治理实效性和注重文化因素,培养学院治理文化的优化路径。