近江牡蛎(Ostrearivularis)广泛分布在我国南北沿海，多栖息在河口附近盐度较低的内湾，是我国主要的养殖贝类之一。作为经济贝类，通过对其分子遗传学水平的研究可以让人们更好的保护、利用和开发这种资源，创造更好的经济效益。广东沿海对近江牡蛎的养殖有三百余年的悠久历史，湛江官渡和阳江程村两地的近江牡蛎是目前广东沿海具有规模性开发和应用价值的两个天然种群，但是对它们在分子水平的研究却很少。因此本实验以此两地的野生近江牡蛎为研究对象，以随机扩增多态性(RAPD)和rDNA-ITS1序列分析为实验技术手段，结合形态学特征统计分析对这两个地理种群进行遗传多样性分析，结果表明： (一)形态学特征分析： 为了评价种群间的差异，共测量了九个形态指标：总重(TW)、右壳长(RAPM)、右壳高(RDVM)、右壳凸(RT)、韧带长(HL)、左壳长(LAPM)、左壳高(LDVM)、左壳凸(LT)和闭壳肌痕宽(SW)。湛江种群的九个形态指标平均值分别为23.68g、53.05mm、79.80mm、20.50mm、18.74mm、55.43mm、82.06mm、20.75mm和15.27mm；阳江种群的九个形态指标平均值分别为35.55g、60.58mm、97.62mm、23.53mm、19.80mm、66.11mm、103.19mm、32.40mm和17.90mm。 为了消除贝体规格大小对参数值的影响，将每只贝的所有参数分别除以左壳高(左壳高除外)予以校正，得出8个形态学比例性状(X1～X8)进行主成分分析。共构建4个主成分，其贡献率分别为34.8﹪、21.2﹪、15.3﹪和13.2﹪，累积贡献率为84.5﹪。 (二)随机扩增多态性(RAPD)分析： 选用12个扩增效果好、稳定的引物进行扩增，共得到157个位点，平均每个引物可产生13个位点，片段长度在200～2200bp之间。分析结果显示：湛江、阳江两个种群的多态位点比例为89.62﹪和89.57﹪；遗传多样性指数为0.4170和0.4334；种群间平均遗传距离D为0.0327、平均遗传相似性为0.9681以及平均遗传分化系数(Gst)为0.0437。 (三)rDNA-ITS1序列分析： 用合适的引物扩增了核糖体DNA转录间隔子Ⅰ区间的序列，得到18S、5.8S部分序列和ITS1全部序列(包含引物)，其中ITS1序列片段长度为478～485bp，共有11个变异位点，两个为转换(A/G)，其他为插入/缺失(A/-、T/-)。湛江和阳江种群各获得8个基因型，其中两种群共享一个基因型。两个种群的AT、CG碱基平均含量分别是41.71﹪、58.29﹪(ZJ)；41.57﹪、58.41﹪(YJ)；两个种群间的平均遗传距离0.0004。