跨流域调水工程是解决水资源分布不均、缓解水危机和水资源供需矛盾的必不可少的有效措施。但跨流域调水工程改变了区域水情，在其运用和管理过程中会打破区域原有的生态平衡，对调水区的社会、生态及经济方面产生了负面影响，从而加重了调水区与受水区之间的矛盾。为了保证受水区取得充足、清洁的水资源，调水区必须加大保护生态项目的投资，且一定程度上限制当地区域的经济发展，因此，调水区承受着巨大的外部成本，降低了保护生态环境的积极性。生态补偿作为一种有效的经济手段，可以促进调水工程的良好运行和生态的可持续发展，从而实现社会公平，促使生态环境和区域经济协调发展。　　本文首先在阐述国内外生态补偿研究现状的基础上，从生态学、管理学、经济学和法学等角度分析了生态补偿的内涵，并综合国内学者的研究和我国的国情，从理论经济学的角度给出跨流域调水工程中生态补偿的定义;其次，将跨流域调水工程生态补偿的理论基础归纳总结为:马克思主义生态观、公共产品理论、产权理论、外部性理论、生态资本理论、生态系统服务价值理论和可持续发展理论，分析各个基础理论之间的相互关系，梳理跨流域调水工程生态补偿的基本思路;再次，对跨流域调水工程生态补偿的相关利益方进行博弈策略分析，明确了生态补偿的主体和客体，分析了满足稳定策略需要的条件;最后，以南水北调东线工程为例，宏观上，应用博弈模型分析调水区和受水区的博弈利益关系;微观上，从生态系统服务价值和排污权两个角度构建生态补偿标准核算模型，对其生态补偿额度进行测算，两种计算模型充分考虑了生态环境与经济发展的关系，具有一定的实用性。南水北调工程是跨流域调水工程的典型代表，将其作为实证研究对象既有很强的实际意义，也具有一定的示范推广价值。