近交(inbreeding)指存在亲缘关系的个体间的交配。一方面随着近交代数的增加,近交可以加快一些控制优良性状的等位基因的纯合,加快育种进程；另一方面,近交也会使后代生长、存活等相关表型性状的指标降低,产生近交衰退。一直以来近交都是遗传育种以及生物多样性领域研究的热点问题。海洋双壳贝类由于具有高繁殖力、高的遗传变异水平以及多样的交配系统,已经成为研究近交及近交衰退的良好模式生物。长牡蛎(Crassostrea gigas)又称太平洋牡蛎,是世界上养殖范围最广、产量最大的海洋经济贝类,也是我国重要的传统养殖品种。近年来随着长牡蛎养殖规模的扩大,养殖群体内近交的现象时有发生,伴随出现死亡率高、经济性状衰退等问题,开展关于长牡蛎近交生物学及遗传多样性研究具有重要的理论和现实意义。本研究利用全同胞交配的方法,获得了连续2代的长牡蛎近交家系,研究了不同近交系数的长牡蛎家系在幼虫期和稚贝期产生的的近交效应,探讨了近交代数对长牡蛎不同生长阶段主要表型性状的影响。同时利用AFLP分子标记比较研究了长牡蛎一代全同胞交配家系F1、两代全同胞交配家系F2和野生对照家系的遗传多样性水平,探讨了近交对长牡蛎遗传多样性的影响。主要研究结果如下：1.长牡蛎近交家系生物学特性研究了对照家系(F=0)、F1家系(F=0.25)和F2家系(F=0.375)在孵化阶段的受精率与孵化率以及幼虫和稚贝阶段生长与存活等生物学特性。结果表明,各组的受精率均在90%以上,除F2组外其余2组的孵化率也在90%以上。幼虫阶段,近交组的壳高与壳长均从12日龄出现衰退,幼虫壳高的近交衰退程度随着近交系数的增加而加大；近交组存活率的衰退在整个幼虫阶段始终存在,且衰退程度随幼虫日龄的增加而加大。稚贝阶段,F1组和F2组的平均壳高在各日龄均出现近交衰退,且稚贝壳高的衰退程度也随着近交系数的增加而加大；3个实验组稚贝的平均壳长在60-240日龄无显著性差异(P>0.05),直至300日龄近交组的平均壳长显著小于对照组,出现明显衰退；F1组和F2组稚贝存活率的衰退在不同日龄始终存在(IDC<0),且随日龄的增加其衰退的程度逐渐地加大。研究表明近交对不同近交系数的长牡蛎家系影响不同,且不同性状的表现也不相同;长牡蛎虽经连续2代的全同胞交配,但部分性状衰退程度有增大趋势,没有获得具有优良等位基因的纯系后代,这也验证了长牡蛎具有较高遗传负荷的结论。因此有效淘汰长牡蛎群体中的遗传负荷(隐性有害等位基因)需要经过一段较长的近交历史,特别是一些在个体生长发育后期才表现出的危害程度较小的等位基因,它们并不会随着近交代数的增加而被轻易淘汰。2.长牡蛎近交家系遗传多样性研究利用9对AFLP引物对三个家系的遗传多样性进行了研究。结果显示,每对引物可产生14-35条清晰的扩增条带,9对引物在对照组、Fl组和F2组三个家系中扩增出的位点总数分别为215、204和200个,平均每对引物扩增的位点数为23.9、22.7和22.2个,其中有多态性的位点总数分别是67、58和55个,平均每对引物扩增的多态性位点数为7.4、6.4和6.1个,三个家系平均多态位点比例依次是31.16%、28.43%、27.5%；随着近交世代的增加,由Shannon多样性指数和Nei’s基因多样性指数反映的长牡蛎近交家系遗传多样性水平有降低的趋势。研究表明长牡蛎具有较高遗传变异水平,同时近交可使其遗传多样性水平下降,本研究为长牡蛎近交家系选择育种和遗传改良提供了重要参考资料。