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鸡冠做为鸡的第二性征是衡量性成熟度的重要参考。鸡冠性状与鸡的生长性能和产蛋性能之间有重要的联系,同时鸡冠又是重要的包装性状。在单冠品种中存在鸡冠倒伏现象,鸡冠倒伏阻挡一侧视线影响鸡只的采食以及交配等活动,并且在鸡冠倒伏处的折痕容易导致溃烂,诱发疾病影响鸡只福利。为研究鸡冠直立/倒伏性状的形成机理及分子遗传机制,本文进行了以下4个方面研究:(1)调查了淮南麻黄鸡(n=2208),东乡鸡(n=2829),文昌鸡(n=1905),京红(n=1990)以及农大3号(n=2863)5个品种中鸡冠直立/倒伏的频率分布情况,并以淮南麻黄鸡为素材研究了不同冠表型鸡冠发育规律以及直立/倒伏冠表型与鸡生长与产蛋性能的关系,同时建立4个不同的交配试验组合:完全倒伏♂×直立冠♀、完全倒伏♂×完全倒伏♀、直立冠♂×直立冠♀以及直立冠♂×完全倒伏♀,初步研究鸡冠直立/倒伏性状的遗传规律。结果表明:在5个品种中完全倒伏冠和部分倒伏冠比例分别为10.1%-29.0%和21.8%-65.3%;完全倒伏冠公鸡在12与16周体重显著重于(P<0.05)直立冠公鸡而完全倒伏冠母鸡在24周体重显著重于(P<0.05)直立冠与不完全倒伏冠母鸡;完全倒伏冠母鸡300日龄产蛋量要比部分倒伏冠母鸡高;不同交配组合试验结果表明:鸡冠直立/倒伏性状与遗传密切相关,推测该性状是由若干主效基因控制,还受众多微效基因的影响。(2)取30周完全倒伏冠和直立冠淮南麻黄公鸡各7只,每个样本取相同部位鸡冠组织,进行HE、格莫瑞以及番红-固绿三种染色,观察倒伏冠和直立冠在组织学上差异。试验表明:倒伏冠和直立冠在组织学上不同主要为真皮层胶原纤维的密度以及酸性粘多糖的含量。(3)以三个品系的淮南麻黄鸡为试验素材建立了三对极端混池:直立冠1 V完全倒伏冠1(Z1 V D1),直立冠2 V完全倒伏冠2(Z2 V D2)以及直立冠3 V完全倒伏冠3(Z3 V D3)(每个混池含4个样本),利用RNA-aeq技术挖掘与直立/倒伏冠表型相关的候选基因,并进行GO和KEGG分析研究鸡冠直立/倒伏形成机制。RNA-aeq筛选到116个差异基因例如CA2,COMP,CEMIP,TNFIP6,GREM1,SPTB,SH2B3,SIRT1等。所筛选的差异基因主要与造血功能、免疫、免疫器官发育、软骨与骨骼发育以及细胞外基质和粘多糖结合等生物学功能有关。其中COMP参与的细胞外基质构造和粘多糖结合两个生物学过程可能与鸡冠直立/倒伏性状形成有重要联系。(4)利用经过双向选择(完全倒伏与直立冠)的淮南麻黄鸡为试验素材,建立2个极端冠表型混池:D(完全倒伏冠表型公母鸡各12只)与Z(直立冠表型公母鸡各12只)进行全基因组重测序,以200kb为窗口,50%重复区间作为滑动步长,计算每个窗口的HP与Fst值并将HP与Fst转化为正态分布ZHP与ZFst并选取ZHp和ZFst前5%的窗口作为受选择的区域,分析与鸡冠直立/倒伏性状相关的候选基因并将候选基因进行GO和KEGG分析,研究直立/倒伏性状分子遗传机制。在直立冠群体中有66个基因位于受选择区域这些基因主要参与有机环状化合物结合以及烟酸和烟酰胺代谢等通路;在完全倒伏冠鸡群体中受选择区域共有114个候选基因,这些基因主要参与成心肌细胞的增殖,N-乙酰氨基葡糖6-O-磺基转移酶激活,肢体发育以及硫酸角质素合成通路。其中由CHST4和CHST6基因参与的N-乙酰氨基葡糖6-O-磺基转移酶激活以及硫酸角质素合成通路可能是鸡冠直立/倒伏性状形成的重要通路。