本研究的总体目标是系统地把握基于生态系统的渔业管理所涉及到的基本概念、原则和实际应用情况，以期为完善我国现有渔业管理体系提供理论指导。为达成这一总体目标，本研究确立了如下子目标：①把握生态系统特别是海洋生态系统的运行机制；②分析海洋捕捞活动对海洋生态系统的影响；③了解基于生态系统的渔业管理的概念、目标、原则和步骤；④系统考察基于生态系统管理在有关国家的应用情况。 为实现上述目标，作者主要研究了：①渔业系统和生态系统的构成及各组分之间的关系；②海洋生态系统的特征和运行机制；③渔业捕捞活动对海洋生态系统的影响；④基于生态系统的渔业管理的理论与方法；⑤基于生态系统的渔业管理的监测和评估框架；⑥基于生态系统的渔业管理在其他国家的应用情况；⑦我国现行渔业管理体制的特点和局限性等内容。 上述研究表明，渔业系统得以运行的基础是海洋生态系统保持健康状态并持续产出，然而，渔业捕捞对海洋生态系统的诸多影响都改变了海洋生态系统的这种状态，通过研究发现，海洋生态系统的特征和复杂的运行机制决定了渔业管理应当以海洋生态系统为管理单元，从而致力于保持海洋生态系统的健康状态，那么应当采用基于生态系统的渔业管理方式。因此，通过考察国外相关的文献资料并借鉴一些成功经验，本文整理出了基于生态系统的渔业管理体系，并提出了我国构建该体系时的建议。 本研究的主要创新之处在于：①研究领域创新，就作者所知，到目前为止，在国内几乎没有一篇与此相关的较为系统的研究论文。即使在国外，这一领域的研究也是处于十分前沿的地位；②研究视角创新，传统的渔业管理研究常以目标鱼种这一管理单元为研究视角，而本文选择了以生态系统为管理单元这一研究视角，进而展开各项研究工作；③概念创新，基于生态系统的渔业管理这一概念饱含新内容，在国内，本研究第一次提出了此概念。作者清醒地意识到，本研究还有诸多亟待弥补和完善之处，这一方面是由于缺少经费支撑，另一方面则受个人时间和能力所限。首先，作为一项探索性的基础研究，国内没有相关资料可以参考，也没有相关经验可以借鉴，因此作者考察了大量的相关英文文献，由于本人时间和能力所限，很难在短时间内将这一管理体系全面地整理出来。其次，在案例考察方面，即使是在此方面较为先进的国家也是处于初步开展阶段，很难以一国情况将它按照渔业管理框架系统地梳理出来，那么只能借鉴与此相通的生态系统管理的多个个别成功案例，以便帮助理解这种管理体系。显然，上述两个方面将是作者以后努力完善和改进之处。