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在DNA纳米技术中,利用DNA良好的编码性,结合纳米粒子进行生物纳米制造具有很大前景,同时也具有巨大挑战。在科学实验中,利用DNA和金纳米粒子(Au NPs)得到了完美晶体,制造出了纳米器械,这给DNA-Au NPs自组装研究带来了更多积极的启示。近期在DNA-Au NPs自组装的实验研究中,发现无化学官能团修饰的DNA和Au NPs具有吸附现象,能自组装成DNA-Au NPs结构单元,打破了传统的DNA和Au NPs的连接。随着计算机技术的高速发展,先进的计算机技术被广泛应用到DNA-Au NPs自组装的研究中,特别是分子动力学模拟技术的发展,加快了DNA-Au NPs自组装研究的脚步。本文基于分子动力学原理,应用Materials Studio分子模拟软件,对无化学官能团修饰的DNA和金纳米粒子(Au NPs)进行自组装模拟分析。体系建模采用全原子建模方式,能清楚的观察到模型的化学元素组成及其结构变化。目标体系由生物分子DNA、Au NPs和溶剂分子组成,其中DNA模型是从3D-DART模型生成器中得到的B-DNA骨架结构,包含10个腺嘌呤脱氧核苷酸,然后根据DNA的化学结构,利用Materials Studio软件补全DNA骨架结构中缺失的原子和化学键,得到完善的DNA全原子结构;Au NPs是金的晶体结构模型,由Materials Studio软件建模得到,由201个金原子组成;溶剂是由水分子组成。整个体系用分子力场中的COMPASS全原子模型力场进行描述。本文首先用分子动力学模拟的方法模拟实现了无化学官能团修饰的DNA和Au NPs自组装吸附的过程,分析了体系的能量变化,并发现静电相互作用力是DNA和Au NPs发生自主装吸附现象的主导因素。为了分析对DNA和Au Nps自组装吸附情况的影响因素,本文从平衡时间、均方根偏差(RMSD)、吸附能等方面研究水溶液和温度对吸附的影响。我们发现,水溶液对DNA-Au NPs自组装体系具有“奴役”作用,相对于真空体系,水溶液中的DNA的动力学特征和吸附作用更弱。另外,在DNA的活性范围内,温度对DNA-Au NPs自组装体系影响较大,在280K到360K的模拟温度下,我们发现,当体系温度为340K时,DNA和Au NPs的吸附作用最强,稳定性最好。