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柑橘属植物是世界最重要的经济作物之一，野生资源山橘的研究对柑橘属植物的起源与进化、种质资源保护等都有十分重要的意义。目前，世界上大多数野生柑橘属植物都处于濒危状态，在我国所有野生的柑橘属植物种类均被列为国家或地方级的保护植物。本研究选取分布于我国东南部各省的柑橘属野生种类——山橘(Citrus japonica Thunberg)作为研究对象，采用微卫星分子标记方法，对共18个居群进行了遗传多样性及遗传结构的研究，为其保护及居群恢复提供依据。 通过对山橘进行SSR引物开发，筛选出10对SSR引物。10个位点共扩增出62个等位基因，每个位点的等位基因数为3～11个不等;位点CY40具有最少的等位基因数（3个），位点CY01、CY13则最多（11个）;大部分居群均检测出较高的多态性，在物种水平上，山橘的观察杂合度(Ho)为0.4021，期望杂合度(He)为0.3932，总的遗传多样性指数(HT)为0.490;18个山橘居群中近交系数(FIS)最大的是香港群岛(HK)居群，最小的是广东汕头(ST)居群，所有居群的平均近交系数为-0.044，物种水平上的近交系数为-0.019。 山橘18个居群的基因分化系数(GST)为0.199，居群间存在着较低的基因交流(Nm=1)。对山橘居群进行Mantel检验(Mantel test)的结果显示基因的遗传漂变(Genetic Drift)比基因流(Gene Flow)要更显著，山橘居群居群间的遗传多样性主要是由于基因的遗传漂变(Genetic Drift)引起的。瓶颈效应检测表明山橘居群近期均未经历显著的居群瓶颈效应。 本研究对野生柑橘属植物山橘的遗传多样性及遗传分化分析的结果可为确定保护策略提供依据。对山橘这种柑橘属野生植物资源的保护策略应以就地保护为主，迁地保护为辅，对拥有特殊性状的居群和个体收集种质资源实施离体保护。根据遗传多样性及遗传分化分析结果和实际情况，优先保护江西崇义(CY)、广东东莞(DG)、广东博罗(BL)、广东中山(ZS)、珠海横琴岛(HQ)、珠海三灶岛(SZ)等六个居群。