改革开放四十年来,产业政策在推动我国经济快速发展中已经发挥了重要的作用,在新时期供给侧改革和产业结构升级的压力之下,产业政策必然还将继续发挥重要作用。目前我国产业政策实施中财政资金运用突出表现为体量大、主体多、种类多、问题多。在产业政策逐步走向法治化的过程中,必然也包含产业政策实施中财政资金管理制度的法治化。通过梳理我国当前产业政策实施中财政资金运用的相关法律法规和系列规范性文件,可以发现虽然新修订的《预算法》明确了全口径预算,但产业政策实施中的财政资金,不论是采取税收优惠、财政补贴的方式,还是政府产业投资基金中财政出资的方式,都没能真正实现预算法治的要求。同时,相关规范性文件在立法层级、具体规则上的不统一,进一步加剧了产业政策实施中财政资金管理的混乱局面。在实践中,由于缺乏科学规范的法律管理体系,产业政策实施中过度依赖财税政策既增加了财政压力,也造成了财政资源的错配与浪费;缺乏具有针对性的绩效评价体系和信息公开制度,导致权力机关的监督和社会监督无法与政府的内部监督形成合力。作为产业政策实施方式市场化改革的产物,政府产业投资基金中的财政资金在撬动社会资本、实现财政资金高效运用上也面临更大的挑战。针对上述问题,通过考察域外国家的相关制度,特别是欧盟科技框架计划的长预算周期、美国产业政策资金运用的非特定产业倾向、日本产业政策实施中的官民协调组织以及印度针对不同行业采取的差异化财政资金管理策略,为上述问题的解决打开了新的思路。针对上述立法和实践中的突出问题,重点提出应从改善产业政策实施中财政资金运用的合法性与高效性出发,完善相关财政资金管理法律制度的框架。针对合法性,应在实体法上明确产业政策实施中财政资金运用的法律基础,通过完善目前财政预算编制技术,进一步实现全口径预算,实现对涉及财政资金的预算管理;同时,应设置相关信息的主动公开程序,为实现全方位的监督奠定基础。针对高效性,则以阶段性、针对性的财政资金绩效评价体系为基础,同时加强对相关主体的司法保护水平,促进财政资金运用的高效性。