存疑有利被告原则是指，在刑事审判活动中，对于实体犯罪事实的认定，如果法院在穷尽证据规则之后还是无法排除事实疑问时，法院应该做出对被告有利的认定。存疑有利被告原则在我国刑法理论界争议最大的是该原则的适用范围，概括起来主要有以下两个方面的争议。第一个争议是，发生法律疑问之时能否适用该原则；第二个争议是，程序法事实发生疑问时能否适用该原则。存疑有利被告只能用于解决事实之疑问，而法律之疑问则不能适用，对于法律发生疑问的时候应取决于法律解释方法的运用。对于程序法事实发生疑问时，由法官采用自由证明程序即可，无需适用存疑有利被告原则。存疑有利被告原则在具体适用中存在严格的适用条件，具体而言，存疑的“事实”必须是影响定罪量刑的事实；事实“怀疑”必须是有根据的合理怀疑，合理的怀疑是建立在客观的事实基础上，具有理性基础的怀疑，合理怀疑判断的基准应该是法官站在一般人的立场出发，不是法官个人价值观念的怀疑；存疑有利被告原则适用的时间是位于证据法则之后的，如果法院可以运用证据评价规则来证明待事实从而排除事实疑问时，就不能适应存疑有利被告原则。存疑有利被告原则的适用范围为实体法之事实疑问，具体而言，主要适用于刑法犯罪之成立（如因果关系、客观归责、故意与过失、共同犯罪等等）及犯罪之罪数、刑罚问题等实体法领域。