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本研究旨在挖掘及鉴定与大足黑山羊生长性状显著相关的分子遗传标记，为大足黑山羊通过标记辅助选择提高生长性能提供科学依据。首先对大足黑山羊和波尔山羊的MSTN基因进行扩增，筛选SNP位点，同时评估变异位点及其单倍型在大足黑山羊、波尔山羊、努比亚山羊和酉州乌羊群体中的遗传分化程度。其次，利用连锁不平衡原理筛选MSTN基因SNP标签位点，并结合与生长调控相关基因GH 及 IGF1 部分位点的 SNP，通过关联分析挖掘与大足黑山羊生长性状（体重、体长、胸围、体高）相关的优势基因型。研究结果如下：
1. MSTN基因扩增及变异位点的筛选
对波尔山羊和大足黑山羊的MSTN基因进行PCR扩增并测序，成功获得MSTN基因的涵盖全部编码区的序列，已公布序列（ GenBank: JF312048.1; GenBank:JX078969.1, 88bp-6029bp）为参考，在两个群体内共筛选出29个SNP位点，其中1个位点分布在调控区内，3个位于编码区中，其余25个分布在内含子中。
2. MSTN基因SNP位点在不同群体中的多态性分析
SNaPshot 技术及重测序技术相结合，在波尔山羊、努比亚山羊、酉州乌羊和大足黑山羊（共计148个样本）内发现20个SNP位点表现出多态性。其中，波尔山羊中只有 5 个位点为多态性，而地方品种酉州乌羊和大足黑山羊群体中分别发现18和20个SNP位点具有多态性。20个位点在四个群体中的平均HE值均大于HO值；波尔山羊群体中HO、HE及PIC值均最小，而大足黑山羊的HO、HE及PIC值均最大。20 个位点在波尔山羊中处于低度多态性（PIC=0.070），而在其他三个群体样本中均处于中度多态性（PIC为0.263-0.307）。除了在努比亚山羊中有4个位点偏离了哈代温伯格平衡外，其余的位点在四个群体样本中均处于哈代温伯格平衡状态。
3. MSTN基因SNP位点在群体间的遗传分化研究
波尔山羊群体内的20个SNP与其他三个山羊品种之间遗传分化均表现为差异显著（FST，p＜0.05），说明波尔山羊与其余3个品种之间的遗传分化程度明显。然而，大足黑山羊、努比亚山羊和酉州乌羊之间均无显著遗传分化或分歧程度低。用Phase法在所测四群体样本内共构建了18种单倍型，其中单倍型H_2在不同群体中分布的数量最多（54.05％），大足黑山羊中存在8种单倍型，其中H_17和H_18为该品种特有。利用Network及MEGA 5等系统发育手段将18种单倍型划分为两大支，波尔山羊所携带的单倍型只存在于第一大支中，连接两个大支的单倍型主要分布在努比亚山羊中，而两个地方品种中出现的单倍型在两个大支中均有分布。
4. MSTN基因SNP标签位点多态性与大足黑山羊生长性状相关性分析
先用HaploView软件筛选出5个标签位点：Snp_425（C/T）、Snp_1583（A/G）、Snp_2732（C/T）、Snp_4552（A/C）和Snp_5167（C/T）。在大足黑山羊169个个体内进行标签位点基因型与生长性能关联分析。结果显示，5个位点的基因型与大足黑山羊的生长性状均无显著相关性（P＞0.05）。在基因型组合水平上来看，对初生重和二月龄重而言，GE-M3基因型组合（C/T, A/A, T/T, C/C, C/C）为优势基因型（P＜0.05）；携带的单倍型 HP-M1（TATCC）序列也几乎只存在于地方品种上，系统分化上属于分支二。另外，基因型组合GE-M13（C/C, A/A, C/T, A/A, C/C）对大足黑山羊6月龄体高有显著影响（P＜0.05），由单倍型HP-M5（CACAC）构成，此单倍型序列在总单倍型中占45.27％，系统分化上属于分支一。
5. GH和IGF1基因的遗传多样性与大足黑山羊生长性状的相关性分析
在大足黑山羊169个个体内，对 GH-781、GH-1148、IGF1-1617、IGF1-4700和IGF1-5752等5个SNP位点与生长性状进行相关性分析发现，GH-1148（C/T）位点对六月龄体长（P＜0.05）、体高（P＜0.05）和胸围（P＜0.01）存在显著相关，其中 T/T 型为优势基因型。IGF1-1617（G/A）位点与二月龄体重和体高有显著相关（P＜0.05），G/A型为优势基因型。其他位点均无显著相关。在基因型组合水平上，GH基因GE-G4（G/G, T/T）组合与六月龄的体斜长、体高和胸围有显著相关（P＜0.05），G-T为优势单倍型。IGF1基因GE-I3（G/A, T/T, G/G）组合与2月龄体重和体高存在显著相关（P＜0.05），G-T-G和A-T-G为优势单倍型。
1. MSTN基因扩增及变异位点的筛选
对波尔山羊和大足黑山羊的MSTN基因进行PCR扩增并测序，成功获得MSTN基因的涵盖全部编码区的序列，已公布序列（ GenBank: JF312048.1; GenBank:JX078969.1, 88bp-6029bp）为参考，在两个群体内共筛选出29个SNP位点，其中1个位点分布在调控区内，3个位于编码区中，其余25个分布在内含子中。
2. MSTN基因SNP位点在不同群体中的多态性分析
SNaPshot 技术及重测序技术相结合，在波尔山羊、努比亚山羊、酉州乌羊和大足黑山羊（共计148个样本）内发现20个SNP位点表现出多态性。其中，波尔山羊中只有 5 个位点为多态性，而地方品种酉州乌羊和大足黑山羊群体中分别发现18和20个SNP位点具有多态性。20个位点在四个群体中的平均HE值均大于HO值；波尔山羊群体中HO、HE及PIC值均最小，而大足黑山羊的HO、HE及PIC值均最大。20 个位点在波尔山羊中处于低度多态性（PIC=0.070），而在其他三个群体样本中均处于中度多态性（PIC为0.263-0.307）。除了在努比亚山羊中有4个位点偏离了哈代温伯格平衡外，其余的位点在四个群体样本中均处于哈代温伯格平衡状态。
3. MSTN基因SNP位点在群体间的遗传分化研究
波尔山羊群体内的20个SNP与其他三个山羊品种之间遗传分化均表现为差异显著（FST，p＜0.05），说明波尔山羊与其余3个品种之间的遗传分化程度明显。然而，大足黑山羊、努比亚山羊和酉州乌羊之间均无显著遗传分化或分歧程度低。用Phase法在所测四群体样本内共构建了18种单倍型，其中单倍型H_2在不同群体中分布的数量最多（54.05％），大足黑山羊中存在8种单倍型，其中H_17和H_18为该品种特有。利用Network及MEGA 5等系统发育手段将18种单倍型划分为两大支，波尔山羊所携带的单倍型只存在于第一大支中，连接两个大支的单倍型主要分布在努比亚山羊中，而两个地方品种中出现的单倍型在两个大支中均有分布。
4. MSTN基因SNP标签位点多态性与大足黑山羊生长性状相关性分析
先用HaploView软件筛选出5个标签位点：Snp_425（C/T）、Snp_1583（A/G）、Snp_2732（C/T）、Snp_4552（A/C）和Snp_5167（C/T）。在大足黑山羊169个个体内进行标签位点基因型与生长性能关联分析。结果显示，5个位点的基因型与大足黑山羊的生长性状均无显著相关性（P＞0.05）。在基因型组合水平上来看，对初生重和二月龄重而言，GE-M3基因型组合（C/T, A/A, T/T, C/C, C/C）为优势基因型（P＜0.05）；携带的单倍型 HP-M1（TATCC）序列也几乎只存在于地方品种上，系统分化上属于分支二。另外，基因型组合GE-M13（C/C, A/A, C/T, A/A, C/C）对大足黑山羊6月龄体高有显著影响（P＜0.05），由单倍型HP-M5（CACAC）构成，此单倍型序列在总单倍型中占45.27％，系统分化上属于分支一。
5. GH和IGF1基因的遗传多样性与大足黑山羊生长性状的相关性分析
在大足黑山羊169个个体内，对 GH-781、GH-1148、IGF1-1617、IGF1-4700和IGF1-5752等5个SNP位点与生长性状进行相关性分析发现，GH-1148（C/T）位点对六月龄体长（P＜0.05）、体高（P＜0.05）和胸围（P＜0.01）存在显著相关，其中 T/T 型为优势基因型。IGF1-1617（G/A）位点与二月龄体重和体高有显著相关（P＜0.05），G/A型为优势基因型。其他位点均无显著相关。在基因型组合水平上，GH基因GE-G4（G/G, T/T）组合与六月龄的体斜长、体高和胸围有显著相关（P＜0.05），G-T为优势单倍型。IGF1基因GE-I3（G/A, T/T, G/G）组合与2月龄体重和体高存在显著相关（P＜0.05），G-T-G和A-T-G为优势单倍型。