生态系统的科学管理是解决全球性环境与发展矛盾，促进人与自然和谐发展的有效途径，也是党的十六届三中全会明确提出的科学发展观的基本要求。生态系统服务功能与价值和生态补偿机制是生态系统管理的核心内容。江河源区在我国经济社会发展和生态环境保护与建设中具有十分重要的地位和作用。本文旨在通过研究江河源区生态系统的内涵、结构、服务功能及其价值，并结合案例东江源区的实证分析研究，探索建立江河源区生态补偿机制，进而研究作为内部约束机制的以生态系统服务价值最优化为目标的江河源区生态系统可持续发展规划，为我国江河源区生态系统的保护、恢复与重建提供理论指导和借鉴。本研究以可持续发展、生态学、生态经济学、资源与环境经济学、系统论、管理学等科学理论为指导，以文献研究、资料收集、实地调研以及主成分分析、因子分析和典型相关分析等统计分析方法为基础，采用市场价值法、机会成本法、替代法、费用支出法、碳税法等资源与环境价值评估方法，规范研究与实证分析相结合，定性与定量相结合，典型分析与全面评价相结合。经研究，得到以下成果和结论：1、科学界定了江河源区的概念，揭示了其作为自然-社会经济复合生态系统的内涵、特征、结构与功能框架，及其基本生态系统类型和主要生态服务功能。2、从理论上分析论证了江河源区生态系统服务价值的存在，揭示了江河源区生态系统服务价值的特点及其三个主要影响因素，同时构建了江河源区生态系统服务价值体系及其评估方法体系。3、初步估算出东江源区生态系统主要的8类服务功能价值及其总价值(每年约81亿元)，约为东江源区2004年GDP的4.11倍；单位面积生态系统服务价值分别是世界和我国平均单位价值的4.2倍和4.3倍；间接经济价值约为直接经济价值的18.2倍。4、初步构建了江河源区生态补偿机制框架，并据此具体提出了东江源区生态补偿机制方案和实施对策。5、提出了在促进区内经济社会发展的基础上，以生态系统服务价值最优化为目标的江西东江源区生态系统可持续发展规划方案，进而提出了江西东江源区生态系统可持续管理对策建议：(1)调整东江源区土地利用结构及其产业结构，优化生态系统服务功能价值，保障经济社会持续、有效、较快发展；(2)建立和健全以生态补偿机制为核心内容的政策法律保障体系；(3)保护和恢复源区森林生态系统，增强水源涵养能力和水土保持功能；(4)加强水污染防治，确保河库水质达标；(5)以循环经济理念大力发展以“猪-沼-果”模式为中心的生态农业。