作为芸薹属三个异源四倍体之一的芥菜型油菜在世界上有很长的种植历史。芥菜型油菜是由白菜和黑芥杂交产生的,漫长的进化过程中染色体是否发生变异、产生了什么类型的结构变异等还不为人们所知。研究者首先利用开发的各种标记来进行变异分析,后来,随着测序技术的不断完善,人们开始探究对芥菜型油菜进行全基因组测序,期望从序列水平解答进化过程中发生的结构变异。作为芥菜型油菜A基因组最长的一条染色体,A9染色体上有很多控制植株性状的基因。因此,构建芥菜型油菜A9染色体遗传图谱和物理图谱对芥菜型油菜研究和生产具有指导意义。利用不基于参考序列基因型分析的方法开发标记,最终获得一张芥菜型油菜高密度遗传图谱。同时,基于标记定位的BAC进行BAC双末端测序,利用BAC末端序列、白菜基因组、芥菜型油菜GSS序列等设计引物来筛选BAC文库构建芥菜型油菜A9染色体物理图谱。以四川黄籽自交系和紫叶芥进行自交系多次杂交形成的172个RIL单株及2个亲本为材料,利用基因分型技术鉴定大量的SNP位点,开发高密度GBS标记。最终开发的15,543个标记定位在18条染色体上,遗传图总长为1,526.8cM,每条染色体平均有888个标记,平均标记密度为0.751cM。将遗传位置相同的标记划分为一个标记簇(bin),最后得到了2,085个bin。将A9染色体上的GBS标记锚定在白菜和甘蓝型油菜A9染色体参考基因组上进行共线性分析,发现与白菜、甘蓝型油菜A9染色体存在大小不一的结构变异。通过标记锚定BAC的方法来构建重叠群,同时在参考基因组基础上通过BES锚定BAC,最终构建了由16个重叠群共计538个BAC组成的芥菜型油菜A9染色体物理图谱。将BAC末端序列映射到芥菜型油菜参考基因组上,估计该物理图谱长度为46.26Mb。与已发表的白菜、甘蓝型油菜和芥菜参考基因组A9染色体比较,发现芥菜型油菜A9染色体均发生了倒位和缺失等结构变异。