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目的：通过对自然发情期FecB~BFecB~B型小尾寒羊、FecB~+FecB~+型小尾寒羊与山地绵羊卵巢组织的数字基因表达谱分析，使FecB~BFecB~B型小尾寒羊、FecB~+FecB~+型小尾寒羊与山地绵羊三者之间进行两两比较分析，筛选小尾寒羊和山地绵羊之间的差异表达基因和代谢调控通路，以期发现控制小尾寒羊高繁多胎相关基因，同时筛选小尾寒羊FecB~BFecB~B型和FecB~+FecB~+基因型个体之间的差异表达基因和代谢调控通路，探索小尾寒羊品种内高低繁殖性状的不同分子调控机制。方法：1.首先对小尾寒羊母羊群体进行BMPR-IB基因分型检测。在山东省青岛市青岛奥特种羊场对152只2岁左右的经产小尾寒羊母羊静脉采血，采用PCR-RFLP方法对小尾寒羊母羊BMPR-IB基因的多态性检测。2.选择健康、体况良好、经产小尾寒羊母羊BB型个体、++型个体及山地绵羊各5只，母羊进行同期发情处理后，待15-22后第二次自然发情时，采用阴道检查法和试情公羊试情法进行发情鉴定，发情后4-5h将试验羊屠宰，取出卵巢组织，放入RNAlater保护试剂，4℃过夜，后转-80℃保存，用于提取组织总RNA。3.对小尾寒羊母羊BB型个体、++型个体及山地绵羊的卵巢组织进行等量混合RNA提取与纯化，提取总RNA后进行solexa测序文库构建，将构建好的文库上机进行Illumina/Solexa测序，对三个实验组进行数字基因表达谱分析。三个实验组两两之间进行差异表达基因筛选、并通过分子注释系统DAVID平台对差异表达基因进行了GO功能显著性富集类分析和Pathway显著性富集分析。4.选择10个基因进行定量PCR检测，验证solexa测序结果。结果：1.对小尾寒羊母羊血液基因组DNA进行扩增，得到长140bp的特异性条带，经限制性内切酶AvaⅡ消化后3.0%琼脂糖凝胶电泳，出现三种结果：++型、B+型及BB型。对152只小尾寒羊母羊FecB基因检测结果为BB型个体为73只，B+型个体为66只，++型个体为13只。2.对小尾寒羊母羊BB型个体、++型个体及山地绵羊各5只进行同期发情处理，待15-22后第二次自然发情时采卵巢组织样。同期发情处理后，小尾寒羊至第二次自然发情时间比山地绵羊要短，小尾寒羊发情周期一般在17-20天，而山地绵羊发情周期一般在20-22天。3.我们对处于自然发情期FecB~BFecB~B型小尾寒羊、FecB~+FecB~+型小尾寒羊及山地绵羊卵巢组织进行数字基因表达谱分析。首先通过Solexa测序，对测序数据利用Trinity算法进行de novo拼接，三实验组的de novo拼接数据，都得到了两万以上的转录本片段(FecB~BFecB~B小尾寒羊为22,507；FecB~+FecB~+小尾寒羊为20,553；山地绵羊为23,965)，而且平均转录本片段长度在300bp左右。通过跟NCBI上已知的羊（Ovis aries）mRNA序列进行比较，我们发现所得到的转录本序列，绝大多数（97%）是首次发现，而之前没有被报道。同时，跟近缘物种牛的大约6000个基因进行了比对，其FecB~BFecB~B小尾寒羊，FecB~+FecB~+小尾寒羊，山地绵羊三实验组两两之间差异表达基因GO分析与Pathway分析结果：1）小尾寒羊品种内FecB~BFecB~B型与FecB~+FecB~+型小尾寒羊比较，差异基因为1092条，上调基因500条，下调基因592条。文章初步认为基因STAR、FLCN、TGFI1、INHA、INHBA与缝隙连接、促性腺激素释放激素信号通路、Notch信号通路可能是参与调控FecB~BFecB~B型与FecB~+FecB~+型小尾寒羊繁殖性状差异的重要基因和调控通路；2）绵羊品种间FecB~BFecB~B型小尾寒羊与山地绵羊比较，差异基因为1273条，上调基因426条，下调基因847条。初步认为CTSB、INHBA、INHBB、INHA、FOXJ3、FOXO3、IGF-1R、STAT3、jagged1、notch2及溶酶体、核糖体、TGF-β信号通路、胰岛素/IGF通路-蛋白激酶B信号级联放大、Jak-STAT信号通路、胆固醇生物合成及Notch信号通路等可能是参与调控FecB~BFecB~B型与山地绵羊高低繁殖性状差异的重要基因和调控通路；3）绵羊品种间FecB~+FecB~+型小尾寒羊与山地绵羊比较，差异基因为928条，上调基因323条，下调基因605条。初步认为CTSB、INHA、INHBB、FOXO3、FOXJ3及溶酶体、细胞外基质受体相互作用、TGF-β信号通路等可能是参与调控FecB~+FecB~+型与山地绵羊繁殖性状差异的重要基因和调控通路。4.我们选择了10个基因进行定量PCR验证，结果表明，定量PCR结果与测序结果一致。结论：1.通过Solexa测序，我们对测序数据利用Trinity算法进行de novo拼接，三实验组的de novo拼接数据，都得到了两万以上的转录本片段，而且平均转录本片段长度在300bp左右。表明通过Trinity算法对非模式生物的单端测序mRNA-seq数据拼接成功。2.三实验组两两之间的差异表达基因GO分析与Pathway分析，筛选出小尾寒羊和山地绵羊之间的差异表达基因和代谢调控通路及小尾寒羊品种内FecB~BFecB~B型和FecB~+FecB~+基因型个体之间的差异表达基因和代谢调控通路，为发现控制小尾寒羊高繁多胎相关基因，探索小尾寒羊品种内高繁殖性状的不同分子调控机制奠定了基础，为下一步具体实验验证提供了方向。