利用单核苷酸多态进行2型糖尿病易感基因的筛查

来源 :中国协和医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:cxc7783
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2型糖尿病(Type 2 Diabetes,T2D)是一种具有明显遗传倾向的复杂的多基因疾病。本实验室的前期的全基因组扫描结果显示,1号染色体上有3个区域(1p36.23-36.33、1q24.3-25.1及1q42.12-42.13)显示与2型糖尿病相连锁,说明该区域有可能存在与2型糖尿病相关的易感基因。 本研究在以上工作基础上,通过SNPs检测和关联分析法对T2D相关基因进行筛选和进一步的定位。方法是对区域内的候选基因的编码区、启动子区(转录起始位点上游2,000bp)进行直接测序发现SNP,然后在糖尿病人和正常人人群中进行基因分型。 在定位区域选择了32个基因进行测序,共重新测序217,056bp,其中Promotor区域共测序54,984bp,5’UTR区域测序5,880bp,Coding区测序50,925bp,Intron区测序85,145bp,3’UTR区测序16,969bp,3’End区测序3009bp。在中国2型糖尿病人群和正常对照中共发现311个SNP,其中启动子区66个,5’UTR区域13个,编码区68个,Intron区143个,3’UTR区12个,3’End区12个。 对其中19个基因中的124个高频SNP在中国北方汉族人群中进行基因分型,发现SAC基因中的2个SNP位点,PANK4基因的1个位点,CASP9基因中的1个位点,细胞分裂蛋白家族2成员CDC2L2基因中的1个位点,其等位基因频率在2型糖尿病和对照组中存在明显的统计学差异(P<0.05)。其中SAC基因中的一个SNP(rs203849)位点位于第11号外显子的第16位,第11号外显子在基因表达的时候存在被选择性剪切的机制,提示该位点有可能会影响这个外显子的剪切。PANK4基因,PGD基因,CASP9基因和CDC2L2基因内含子的SNP在病例-对照研究中也有显著的统计学差异(p<0.05)。 对SAC基因内的8个SNP位点进行的单倍型分析,我们共发现15种单倍型存在于病例组和对照组,其中TATAGAAA在病例组和对照组中的出现频率有显著性的差异(P=0.046,x~2=4.00),另外单倍型TGGAGAGC(P=0.030,x~2=4.737),CAGGAGGA(P=0.018,x~2=5.770),TAGAGGAA(P=0.018,x~2=5.770)在病例
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