大学生思想政治教育系统与自然生态系统都具有生态性，内部诸多因子有机联系，相互协调达到动态平衡。因此，用生态论探究大学生思想政治教育发展，运用生态学中的限制因子定律，生态链规律，生物节律，耐度定律和最适度原则等分析系统结构，可以全面观照大学生思想政治教育系统内部各因子，为深化研究、优化结构，促进各因子发挥效益最大化，实现思想政治教育科学化奠定基础。生态论与大学生思想政治教育分属两个领域，但是大学生思想政治教育系统与自然界中的生态系统具有高度的内在关联性。从整体系统看，内部各个因子能够进行物质、能量、信息流动交换，并可以与外部环境互动，实现动态平衡；从研究对象看，具有关注“生命”的同质性；从系统状态看，处于永恒的变化中，系统内的主体、客体、介体与外部环境之间对立统一、相互影响；从主体价值看，二者都必须充分尊重主体价值。大学生思想政治教育生态系统外部因子主要有社会、学校、家庭三个方面，内部因子主要有主体——教育者、客体——受教育者、介体——教育载体三个层次，通过运用生态学理论，着重剖析大学生思想政治教育生态系统的结构：通过限制因子定律，找到制约大学生思想政治教育生态系统的因素；通过考察系统内部生态链，明晰物质流、能量流、知能流；通过探寻大学生思想政治教育生态系统中的生物节律，统一协调主体与客体、内部与外部；通过耐度定律和最适合原则，确定大学生思想政治教育生态系统最优状态。通过运用生态学理论全面分析当前大学生思想政治教育，我们可以发现系统主要存在教育主体生态意识缺失，大学生思想政治教育生态系统内部与家庭环境、学校环境、社会环境疏离，大学生思想政治教育的主渠道——课堂生态失衡等生态困境。因此，要进一步促进教育主体树立生态意识，构建家庭、学校、社会“三位一体”教育联动模式，优化课堂生态，从而构建大学生思想政治教育生态论方法，破解生态困境。