随着城乡一体化的发展和“支农扶小”业务内容的不断改变，通过改制重组向农村商业银行发展，改变股权结构、改善经营管理模式，已成为农村信用社的现实选择和发展趋势。改制之后的农村商业银行不管在外部监管环境还是在内部管理模式上，都发生了很大的变化，基本实现了商业化运作，安全性、流动性和盈利性（以下简称“三性”）成为其经营管理的核心目标。要想在既定的资源约束下，既保证商业银行的安全性和流动性，又能实现利润最大化，就必须考虑效率这一因素，使效率最大化。本文选取了11家有代表性的农村商业银行，首先运用DEA交叉评价模型从横向和纵向两个维度对11家农村商业银行2009-2013年经营管理效率进行了测度，并进行了比较分析，初步探讨了农村商业银行效率的影响因素。其次，以2011年11家农村商业银行横向交叉评价效率值为基准，通过数学变换，把2011-2013年各农村商业银行纵向交叉评价效率值转化成与横向具有可比性的数据作为被解释变量，运用多元回归分析法研究了各可能影响因素对农村商业银行效率的影响方向和影响程度，得出结论：第一、农村商业银行经营管理效率与当地第三产业所占比重、学历结构显著正相关；第二、法人股所占比例、资本充足率与农村商业银行效率显著负相关；第三、农村商业银行效率与员工持股比例、所在地人均GDP、十大股东持股比例存在正相关关系，与员工数、不良贷款拨备率、资产规模、业务创新存在负相关关系。最后根据实证分析得出的结论，针对性的从产业结构、股权结构、人员素质、风险管理、内部流程等方面提出了政策建议。本文的创新之处主要有两点：第一、在研究农村商业银行经营管理效率时，产出指标不单考虑盈利性，而是综合考虑了盈利性、流动性和安全性；第二、在回归分析时，运用数学变换，把不同维度的交叉评价效率值转化成具有可比性的数据作为被解释变量。