当今世界经济飞速发展，多边贸易自由化与区域经济一体化日益成为主要的经济发展方式，尤其在多边贸易谈判步履维艰的情况下，区域经济一体化更是充分显示出其发展的优势作用，区域贸易协定不断涌现，并都规定有相应的争端解决机制，其与世界贸易组织争端解决机制之间的矛盾冲突也随之出现。WTO与RTAs之间的关系问题日益成为学者们关注的焦点，学者们纷纷从宏观的角度论述WTO与RTAs争端解决机制的比较，鲜有学者深入研究WTO和RTAs争端解决机制管辖权冲突的相关问题，这不利于全面认识WTO与RTAs之间的矛盾冲突，不利于国际贸易纠纷的有效解决。本文从概述WTO争端解决机制和RTAs争端解决机制中有关管辖权的规定入手，在此基础上比较并探讨两者的关系，认为虽然WTO与RTAs在条文方面有一些相似规定，但两者在争端解决机构、争端解决受案范围、争端解决程序方面有很多不同，这促使RTAs在诸多领域的优先发展可以弥补WTO争端解决机制的疏漏，为WTO争端解决机制的未来发展提供了经验和教训。为什么WTO争端解决解决机制与RTAs争端解决机制会发生管辖权冲突呢？其根本原因是WTO协定与RTAs规定的实体权利义务的重叠以及WTO与RTAs争端解决机制管辖权制度的不协调，这两方面的原因为冲突产生提供理论上的可能性；而直接原因是争端方挑选争端解决机构，它直接促使管辖权冲突的实际发生。WTO争端解决机制与RTAs争端解决机制管辖权冲突的后果是产生平行诉讼，其主要表现为“重复诉讼”和“对抗诉讼”，而其典型案例分别是“阿根廷家禽反倾销措施案”和“墨西哥饮料案”。从这两个案例可以看出平行诉讼会造成的两方面的严重后果：一是高额诉讼成本，同时加重争端当事方和争端解决机构的负担，不符合司法经济原则；二是产生冲突的裁决，降低裁决的可预见性，进而降低法律的确定性，日益加深多边贸易体制与区域经济一体化间的矛盾，不利于国际经济秩序的和谐与统一。鉴于上述严重后果，必须找出协调这一冲突的方案，分别从RTAs中的管辖权条款、国际私法领域的管辖权规制规则、RTAs对WTO在管辖权方面的司法包容这三个角度分析可适用的解决方案。首先，RTAs争端解决机制中的管辖权条款是对争端国诉讼权利义务的规制，并不是对WTO特定条款的解释，因此不能根据“并入说”要求WTO专家组和上诉机构承认RTAs管辖权条款。其次，国际私法领域的管辖权规制规则，如不方便法院原则、先受理法院管辖原则、一事不再理原则和禁止反言原则，在协调WTO与RTAs争端解决机制管辖权冲突方面均具有局限性。最后，RTAs对WTO在管辖权方面的司法包容有利于两种争端解决机制在实现各自目标宗旨的基础上共同发展，可视为协调WTO与RTAs争端解决机制管辖权冲突的有效途径。就中国而言，应如何解决这一冲突呢？首先要深入研究WTO条款和管辖权冲突典型案例，然后要充分利用这种冲突对己有利的一面。