质谱是实现化合物结构分析的重要方法,具有快速、灵敏的特点。气相离子碎裂反应的研究作为质谱研究的重点不仅拓展了人们对气相化学反应的的认识,也是合理解析化合物结构的必要依据。高效液相色谱与电喷雾质谱联用技术(HPLC-ESI-MSn)可以快速准确地对混合物进行定性与定量分析,现已广泛应用于药物杂质鉴定等药物分析工作中。本论文运用串联质谱法对N-苯基苯甲酰胺类化合物的气相重排反应进行了研究,并利用液质联用结合核磁共振技术成功地对α-生育酚烟酸酯原料药中微量杂质及环丙羧酸原料中未知杂质进行了结构鉴定：第一部分N-苯基苯甲酰胺类化合物在质谱中的重排反应研究。在负离子模式下,观察到一氧化碳的丢失和酚盐阴离子的产生,经研究确证两种碎裂反应都经历了Smiles重排过程；正离子模式下,当苯胺环上的取代基为强的给电子基团且为间位取代时,质子在苯胺环邻位碳的附着诱导了酰胺氧的亲核取代反应,从而产生苯甲腈的中性丢失。通过高分辨质谱、氘代实验及理论计算证明了所提出的机理的合理性。该研究为理解芳香酰胺化合物在电喷雾质谱中的重排现象提供了理论依据。第二部分α-生育酚烟酸酯原料药中的微量杂质分析。运用串联质谱系统地分析了α-生育酚烟酸酯的多级质谱碎裂机理,通过液质联用和高分辨质谱确定了两个微量杂质的含量及元素组成,结合杂质的多级碎片信息、核磁数据以及a-生育酚烟酸酯的生产工艺,成功确定了两个杂质的分子结构。第三部分环丙羧酸原料中未知杂质的结构鉴定。实验中发展并建立了环丙羧酸的液质分析方法,结合串联质谱、高分辨质谱与核磁共振实验实现了对环丙羧酸原料中的多个未知杂质的结构鉴定。此外,本论文还对气相离子碎裂反应研究及液质联用在药物分析的应用进行了简要综述。