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苦瓜和芦荟均是药食两用的药用植物，在全国各地被广泛种植。有关苦瓜与芦荟的研究主要集中在栽培、药理成份和药理作用，在其内生真菌方面，目前仅芦荟曾有初步报道。由于植物内生真菌与其宿主长期协同进化能够产生与宿主相同或相似的生物活性物质，故进行苦瓜和芦荟内生真菌生物多样性研究，不仅可丰富我国真菌资源的宝库，也为该二药用植物内生真菌的开发利用积累有价值的资料。通过对广州、肇庆、潮州、韶关和云浮五地苦瓜的不同时间采集和分离，自2220个苦瓜不同部位的组织块中分离获得内生真菌1636株，已鉴定1255株。能产孢的菌株，经形态与分子鉴定分属于半知菌亚门和子囊菌亚门的4个目、6个科、6个属、38个种群，其中真菌新种1个：Phoma momordica J．H． Huang，Z．D． Jiang＆p.K． Chi，中国真菌新纪录种7个：Arthrinium aureum Calvo&Guarro、Arthrinium marii Larrondo& Calvo、 Arthrinium sphaerospermum Fuckel、Corynascus verrucosus Stchigel，Cano&Guarro、Curvularia borreriae(Viégas) M．B．Ellis、Curvularia protuberata R．R．Nelson&Hodges、Phoma glomerata(Corda) Wollenw．&Hochapfei。诱导未能产孢，但经分子鉴定的菌株分属于8个属：Bionectria、Lasiodiplodia、Didymella、Stagonospora、 Xylaria、Annulohypoxylon、Aureobasidium、Ceratobasidium。尚有部分菌株既不产孢，其ITS序列也不归某具体属，经比对分析表明其属于子囊菌Ascomycete。通过对新会、珠海、潮州、东莞、深圳和广州六地芦荟的不同时间采集和分离，自芦荟不同部位的540个组织块中分离到96株内生真菌，已鉴定84株，分属于半知菌亚门和子囊菌亚门的3个目、3个科、5个属、6个种群。
本研究共测了118个菌株ITS1—5.8S—ITS2序列，对具较多菌株序列的属进行ITS1—5.8S—ITS2分子系统树构建。构建的分子系统树将苦瓜与芦荟内生真菌具有相同形态性状的菌株自然地聚集在一起，如Fusarium、Corynascus、Chaetomium、Curvularia、Exserohilum、Phomopsis、Penicillium、Phoma、 Aspergillus，其中在内生拟茎点霉分子系统树中，将未鉴定菌株zly17与Phomopsis longicolla聚为一类，为进一步鉴定该菌，提供了重要线索。ITS1—5.8S—ITS2序列构建的系统树能较好地反映苦瓜与芦荟内生真菌多数属内种的特征，但并不适合本研究的所有类群。本论文中形态上均鉴定为Colletotrichum gloeosporioides的苦瓜内生菌株，分成3个亚群，且与C。truncatum、C．trifolii、G．lindemuthiana、C．musae区分不开来；在内生交链孢分子系统树中，A．alternata、A．arborescens、A．tenuissima、A．longipes区分不开来；在内生镰刀菌分子系统树中，在形态上分属于F．equiseti和F．camptoceras的9个菌株聚为一大类在ITS分子系统树也无法区分。ITS区段虽能在不同程度上反映菌物的进化关系，但由于它们的碱基对数量相对有限，不可能完全反映出系统发育的全部关系；同时也寓意着，苦瓜与芦荟的内生真菌多样性很丰富，有些被本研究鉴定为同种的菌株可能属于不同的种，有待进一步地进行更为细致的鉴定。
苦瓜与芦荟内生真菌的多样性分析表明，内生真菌分离组织块数、所获得菌株数、分离率和内生真菌多样性间无相关性。不同采集地苦瓜内生真菌多样性不同。花都、潮州和肇庆三地苦瓜内生真菌种类相对较丰富，内生真菌菌株分别归入18、16和15属；韶关和云浮两地苦瓜内生真菌种类较少，内生真菌菌株分别归入13和11属。综合5个采集地的苦瓜内生真菌优势种群为Alternaria、Cladosporium、Colletotrichum、Fusarium这四个属。综合6个采集地的芦荟内生真菌优势种群为Aspergillus、Penicillium。苦瓜不同器官内生真菌的种类多样性间存在着差异性，果、根、茎和叶的多样性均较丰富，但花上的内生真菌种类少些。其中，根部内生真菌分离率较高的种群为Chaetomium、Cladosporium、Fusarium和Penicillium；茎部的为Aspergillus、Colletotrichum、Fusarium、Penicillium；叶部的为Cladosporium、Colletotrichum；花部的为Alternaria、Aspergillus、Cladosporium、Curvularia、Didymella和Nigrospora；果部的为Alternaria、Arthrinium、Chaetomium、Cladosporium、Penicillium。苦瓜不同器官内生真菌菌株中，根、茎部优势种群为Fusarium，叶部优势种群为Colletotrichum，花部优势种群为Alternaria，果部优势种群为Cladosporium。芦荟根部内生真菌优势种群为Aspergillus、Penicillium，叶部优势种群为Aspergillus、Penicillium、Trichoderma。