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为了探明狐狸Agouti基因的序列结构及其对狐狸毛色的调控机制,本研究通过PCR扩增、测序和染色体步移等技术获得了银黑狐Agouti基因12670bp的序列,其中5’UTR区、外显子2、内含子2、外显子3、内含子3和外显子4序列长分别为8022bp、157bp、1251bp、62bp、3098bp和80bp。随后继续利用PCR扩增和直接测序的方法对我国5个狐种58只狐狸的Agouti基因部分序列进行了SNPs筛查和单倍型分析。结果表明,在已测序的58只狐狸中首次发现6个SNPs(g.269G>T、g.295C>T、g.325T>G、g.518G>A、g.608C>A和g.846G>A),它们全部存在于内含子2上。狐属的所有个体(25只)在以上6个位点全部为纯合子基因型,依次为GG、CC、TT、GG、CC和GG型,而北极狐属的所有个体(33只)在这些位点则均为另一种纯合子基因型,依次为TT、TT、GG、AA、AA和AA型。6个SNPs形成两种单倍型:单倍型1(H1:GCTGCG)和单倍型2(H2:TTGAAA),分布频率分别为42.1%和57.9%。单倍型1(H1)分布于狐属3个狐种的所有受试个体中,单倍型2(H2)分布于北极狐属2个狐种的所有受试个体中。进一步分析没有发现6个SNPs及其单倍型与毛色存在明显的关联性,但推测它们是区分狐属和北极狐属的重要功能位点和重要单倍型。进一步用DNAMAN(5.2.9)软件和在线软件Neural Network Promoter Prediction等对银黑狐Agouti基因启动子区进行了生物信息学分析,综合分析结果推测银黑狐Agouti基因启动子活性区序列可能是CACACAGCCGCTTAA ATAGCAGGTACATCCAGGTGGCCTGACTCCCCTTT,转录起始位点A在ATG上游543bp处,并预测发现了TATA-box和CAAT-box,但没有发现GC-box,该序列还包含Sp1、AP1和NF-1等多个潜在的转录因子结合位点。基于Agouti基因编码区序列,对狐狸和其它11个物种进行了同源性和聚类分析,结果发现狐狸与家犬的遗传亲缘关系最近,这与两物种本身的生理特性以及传统分类学中已知的生物分类结果相一致。