污染环境罪作为我国《刑法》规制环境犯罪的重要罪名之一,在《刑法修正案(八)》将“严重污染环境”作为入罪标准后,辅之最高人民法院、最高人民检察院三次出台的《关于办理环境污染刑事案件适用法律若干问题的解释》,对污染环境罪的司法适用标准进行了详细的明释,降低了本罪的入罪门槛,扩大了犯罪圈。然而,本罪在司法适用中尚存诸多问题,本文就是针对污染环境罪在司法适用中的问题予以研究。首先,阐述污染环境罪的概念与特征,回顾其立法沿革。其次,从污染环境罪的司法适用现状入手,通过统计、分析聚法案例网自2011年至2019年11月10日的案例,发现全国污染环境罪案件呈分布样态不均、数量逐年激增且案件多样、行业类型分布广的现状。并且,通过抽选作出一审生效判决最多的五个省份的500份案例数据,结合典型案例的探讨,发现本罪在司法适用中具有以下几个特征:法益保护具有多重性;主观罪过形式既有故意又有过失;既遂形态为行为犯和结果犯并存,且行为犯居多;尚存基于相似案情作出不同判决的情形。再次,根据污染环境罪的司法适用特征,指出其中存在的主要问题,包括保护法益范围宽泛、罪过形式模糊、既遂形态标准不统一以及同罪不同罚。分析问题的形成,其主要原因在于,该罪的最新司法解释将行为犯与结果犯的既遂形态统一纳入第一条之中,导致适用混乱。在与投放危险物质罪的区分上,存在对两罪法益重合部分、主观罪过形式以及既遂形态认识的误解。同时,最新司法解释在本罪保护法益内容的解释上存在偏差,因而使污染环境罪在适用过程中保护法益效果不佳。加之现行刑法并未明确规定本罪的主观罪过形式,才使罪过形式不一的现状频频发生。最后,提出解决对策,例如明确保护的法益是生态环境法益,明确本罪的主观罪过只能是故意,引入抽象危险犯的既遂形态,建立专门的指导性案例库。