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芸薹属是十字花科重要的一个属，其中包含诸多的作物，如白菜、甘蓝、芥菜和甘蓝型油菜等。随着分子生物学的快速发展，以基因组为基础的研究广泛应用于遗传多样性分析、遗传图谱构建、基因定位和分子辅助育种等领域，而目前对芸薹属物种中开发的SSR标记还不能满足现在的需要，在芸薹属线粒体基因组中对SSR标记的开发更是甚少。本文以芸薹属线粒体基因组为基础，通过对线粒体基因组中SSR特征分析及基因组的分布等信息的研究，以便能够开发出动态性更好的分子标记来分析芸薹属线粒体基因组中重复序列特征。在芸薹属线粒体基因组中含有较多控制细胞质不育的基因，有助于寻找新型的不育性细胞质。本文对芸薹属线粒体基因组重复序列进行分析，并进行SSR标记开发，其主要研究结果如下：（1）各物种线粒体基因组中的单碱基、复合碱基和三碱基重复序列比对结果显示：单碱基含量所占比例最高，在白菜中比例为88.89%，高于另外4个物种；复合简单重复序列在芥菜型油菜中为10.53%，高于另外4个物种；甘蓝和埃塞俄比亚芥菜中只有单碱基简单重复序列。（2）通过对各种类型转座子分析研究，比对转座子在基因组中所占比例显示：甘蓝和白菜所占的比例分别为2.635%和2.713%，甘蓝型油菜(pol)和甘蓝型油菜(nap)所占比例介于两者之间，分别为2.669%和1.742%，芥菜型油菜所占比例为2.713%，埃塞俄比亚芥菜转座子占测序总长比例为1.742%。（3）串联重复序列在白菜和芥菜型油菜串联重复序列特征基本相似。而甘蓝（CC）、甘蓝型油菜(AACC)和埃塞俄比亚芥菜(BBCC)插入缺失分别为1.3%、1.3%和1.8%。（4）对芸薹属反向重复序列分析结果发现：甘蓝中反向重复序列左、右侧插入缺失分别为301.7、302.0，而其他芸薹属物种中左、右侧插入缺失均少于200.0。（5）线粒体基因组里含有较多控制细胞质不育的基因，从分析这些基因的变异模式能够更好的理解新CMS产生的原因。根据芸薹属线粒体基因组信息和已知不育基因，寻找到17对特异性SSR序列，其中BM036引物可以将甘蓝与其他物种明显区分开来，另外12对引物能将埃塞俄比亚芥与其他物种区分，在不育基因中orf222-3和orf224-3能将甘蓝型油菜与其他物种区分。本研究对芸薹属5个物种线粒体基因组SSR特征分析，并开发出芸薹属线粒体基因组17对特异性引物，能够较好的应用于区分芸薹属部分物种中，为芸薹属物种鉴定提供一定依据。