吉林省地势开阔,气候适宜,种植业发达,玉米等农作物产量高,为肉牛养殖提供了充足饲料,有利于肉牛养殖,肉牛养殖业发展全国领先。但是,随着肉牛养殖业集约化程度不断提高,养殖规模的扩大,污染物排放量逐年增加,粪便排放与环境保护之间的矛盾日益凸显。保证肉牛养殖业经济增长与环境保护协调发展的困境亟待解决。为破解困境,本文首先利用2000—2016年《吉林省农产品成本收益资料汇编》关于肉牛成本收益的统计,分析吉林省肉牛养殖的投入产出构成以及变动情况。以吉林省肉牛养殖业为主要研究对象,采用DEA-Malmquist生产率指数方法测算吉林省5个县市2000—2016年传统的肉牛养殖业全要素生产率(TFP),随后在传统投入产出变量不变的基础上,引入环境污染作为“非期望”产出,运用基于DEA的Malmquist-Luenberger生产率指数方法测算吉林省肉牛养殖业全要素生产率(TFP),并与传统的肉牛养殖业全要素生产率(TFP)进行对比。研究表明:吉林省2000—2016年不考虑环境约束的肉牛养殖业全要素生产率平均值为0.981;而考虑环境约束后的吉林省肉牛养殖业全要素生产率平均值为0.942,后者低于前者,且二者之间的差异性呈现逐年增长的趋势。由此可见肉牛污染物排放对肉牛养殖业产生的消极影响日益严重。肉牛养殖业发展中“好”产出增长率低于“坏”产出减少率,说明环境污染对技术进步起到了阻碍作用,且这种负面作用大于对技术效率的改善。可见,如若不考虑肉牛养殖业对环境的污染,将会高估吉林省肉牛养殖业的全要素生产率。本研究提出如下政策建议:(1)提高肉牛养殖技术,推广服务体系建设。建立更加健全的科学技术推广服务体系,进行技术培训、专家指导、养殖大户示范等方式提高肉牛的养殖技术。对养殖户做好技术培训,提高肉牛生长速度,缩短养殖周期。(2)进一步改进污染物处理。对污染物处理方法进行改进,推进粪尿干湿分离、干粪堆积发酵等清粪方式,对粪便污染物进行有机肥加工和沼气生产资源化利用降低污染物排放。(3)完善培养体系,提高资源配置效率。采用线下培训与实地勘察相结合方式,注重肉牛养殖人才及畜牧兽医人员的培养,理论与实际相结合。(4)转变饲养结构,科学饲养。政府相关部门因地制宜,根据不同地区所处的地貌与气候条件,联系当地农业科研部门和相关领域的高校,根据肉牛养殖业的发展需要从饲料添加和配比,来改进饲料配方促进氮、磷元素的减排。同时建立疫病防控体系,提高肉牛养殖户质量安全意识。