为打击日益增长的两岸跨境犯罪问题,两岸以签订协议模式建立起制度化的两岸司法互助。调查取证在刑事诉讼中扮演着举足轻重的作用,也是司法互助的主要互助事项。但两岸互助取证无论是在运行协议还是和两岸的证据规则衔接上都产生大量的矛盾和冲突。因此,考察两岸互助取证的现状、出现的问题以及探索解决的路径对两岸司法互助的开展具有推进作用。本文共分为四章:第一章首先概述两岸刑事司法互助,明确必须在同一国家主权的语境下对其进行考察研究。通过对《海峡两岸共同打击犯罪和司法互助协议》(以下简称《两岸协议》)的介绍,以及两岸出台相关的法律规定和规范性文件介绍,对两岸司法互助的运行现状有总体的了解,为后面的问题检讨提供规范支撑。第二章从规范分析和案例分析两个维度来进行考察。司法互助必须涉及两岸法律规定和法律程序的衔接问题,比较两岸的法律规定之后可以看出,在证据制度及相关制度的差异较大,对互助调查取证带来实际操作上的困难。而通过相关司法案例的统计和分析,直观反映了当前两岸互助取证中的突出矛盾和亟待解决的问题。第三章主要针对前章总结发现的跨境证人出庭问题、笔录证据的评价问题以及准据法选择问题进一步分析检讨。指出跨境证人出庭难的主要原因和深层原因。梳理台湾学界对笔录证据评价的争议焦点,以及此问题在大陆未受关注的原因。分析两岸司法互助中的准据法选择困境以及学者观点。第四章是对上述问题提出解决意见。作为对欧洲47个国家拥有管辖权的欧洲人权法院,从人权保障的角度解决司法互助案件中的争议问题,对两岸在准据法的选择以及整体的案件审理具有借鉴作用。其次在具体的完善建议方面,既要完善现有的两岸司法互助机制,也要完善两岸刑事立法,逐步拉近两岸刑事法律的规定,不仅利于解决司法互助中的取证难题,也有助于提高两岸的法制水平。