本文从宏观上把握中日武术的发展，基于马克思主义哲学，站在结构功能主义的视角，运用钱学森院士的复杂巨系统理论，将文化三层次理论融入系统论当中，提出微开放初级复杂系统文化三层次模型（下文简称系统），从系统的视角出发对中国武术与日本武道进行研究比较，运用复杂性科学的哲学反思视角得出以下结论与建议。结论：（1）从认识论发展的视角提出了第一本质与第二本质及其辩证关系。（2）中日武术在延续了特定的历史条件，基于当前各自社会背景形成了当代的中国武术体系与日本武道体系。（3）日本从平安时代开始到江户时代末期近700年的武家社会，给日本武术的发展创造了条件。（4）中国武术在清末民初的特定历史条件下被拔升为“国粹”。（5）基于系统认为当代中国武术的要素是武术套路、武术散打、中国短兵、太极推手、各拳种，但中国武术要素不能称其为独立要素，因为这四项只在物器技术层有一定的系统性，而没有各自独立的核心文化层与制度习俗层。（6）基于系统认为当代日本武道的要素是剑道、柔道、弓道、相扑、合气道、稚刀、空手道、少林寺拳法、铳剑道以及古武术，其中每一要素的结构都是核心文化层、制度习俗层、物器技术层三个层次的相互作用；整体结构是大的核心文化层（武士道）、制度习俗层（武道协议会）、物器技术层（武道九项）三个更高一级的大系统。（7）当代中国武术体系的形成是下行因果关系（从上至下）；日本武道体系的形成是上行因果关系（从下至上）。（8）当代中国武术的发展偏重性严重，而日本武道的发展系统性较强。（9）当代中国武术体系运行的他组织性大于自组织性；当代日本武道体系的运行自组织性大于他组织性。（10）当代中国武术体系发展的整体涌现性不足，日本武道体系发展的整体涌现性逐渐凸显。（11）当代中国武术的物质文化遗产缺失。并深入论述了武术向武学过度的历史趋势，武学与武学体系的建构方法。（12）“本立而道生”，拳种作为武术之根，必须予以重视，要在现代与传统之间把握好平衡。建议：从系统的视角看，日本武道的系统构建完善，今日的中国武术的系统构建仍不完善，需在坚持中国特色社会主义建设的理论基础上，发挥自身优势，把握住以还原论为基础，以高度综合为主的一体化发展趋势，运用复杂性科学的研究方法，深入的研究传统并反思自身，在武术现有研究基础上进行研究方法论的创新系。