航运在带来经济发展的同时也加重了环境污染,船舶的排放问题逐渐受到各界关注,硫氧化物的排放加剧了空气污染,温室气体的排放加剧全球气候变暖。硫排放控制区（SOXEmission Control Areas,简称SECA）的设立和全球区域船用燃料含硫量的限制要求船舶使用符合标准的低硫燃油。欧盟一直致力于推动征收航海碳排放税,国际海事组织酝酿征收航海碳税、实施一般排放交易体系等政策控制航运碳排放。这对航运公司来说大大提高了运营成本。燃料消耗和二氧化碳排放与船速的三次方正相关,因此对航速较快的集装箱班轮来说环保要求带来的成本增长压力更大。在硫排放限制和碳减排背景下的集装箱班轮航线配船优化研究已经成为一个亟待解决的问题。基于以上情况,本文分析了硫排放控制区和船舶主流的硫减排措施,结合碳税政策,将碳排放量转化为碳排放环境成本,加入到目标函数中。从集装箱班轮企业的角度出发,选取A公司经营的3种不同船型,22条船舶组成的船队,投入到中国——西北欧、中国——北美西和西北欧——北美东3条经过硫排放控制区的集装箱班轮航线。综合考虑了硫排放控制区和航海碳税限制,将船舶分配、SECA内外航速、使用合规低硫燃油和安装废气脱硫设备的选择作为决策变量,将集装箱班轮公司总成本最小设为目标函数,采用遗传算法求解,得出最终的配船方案,并给出每条船舶的硫减排措施和SECA内外航速。结果表明:在SECA内降速航行能降低船队运营成本。载箱量大、剩余寿命长、在SECA内航距占比大的船舶,安装废气脱硫设备的经济性较好。碳税税率的提高会使船舶在SECA内航速逐渐增大,碳排放量下降,有助于降低自身碳排放成本,缓解温室效应。研究结果证明了模型的有效性,能为集装箱班轮公司提供决策上的帮助。