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本研究采用整合转录组和蛋白组的方法对大鼠肝再生（Rat Liver Regeneration，RLR）的机理进行系统性分析。基因微阵列分析发现，3712个基因在大鼠肝再生中的表达差异显著或极显著，其中，2850个基因表达上调、816个基因表达下调和46个基因表达上/下调。蛋白质分析发现，2168种蛋白的表达差异显著或极显著，其中，1518种蛋白表达上调、411种蛋白表达下调和239种蛋白表达上/下调。上述基因和蛋白统称为RLR相关基因或RLR相关蛋白。其中，2381个RLR基因为基因组特有，775种RLR蛋白为蛋白组特有，在mRNA或/和翻译水平上与肝再生相关并相对应的基因与蛋白，即RLR基因/蛋白2383种，其中，RLR基因1331个，RLR蛋白1393种。在此基础上，用已建立的数据库和统计学方法，从细胞增殖的角度分析这些肝再生相关基因和蛋白表达变化在大鼠肝再生中预示的生物学意义。Gene Ontology（GO)注释发现，1009个RLR基因参与细胞增殖，506种RLR蛋白参与细胞增殖。对比上述基因和蛋白的表达变化发现，561个RLR基因未在蛋白组中查到，为基因组特有，89种RLR蛋白未在基因组中查到，为蛋白组特有，744种基因和蛋白相对应并在mRNA或/和蛋白水平上与肝再生相关，称为RLR基因/蛋白。同时，606个RLR基因参与细胞增殖信号通路，279种RLR蛋白参与细胞增殖信号通路。谱函数（Ep(t)值）分析表明肝脏细胞的增殖主要与FGF、PDGF、INS、OSM、IL2和HRH3信号传导活动密切相关。上述6条信号通路涉及特有基因9个，特有蛋白3种，基因/蛋白23种。同时，利用网络原理和方法结合同类提取法分析发现，磷脂酶Cγ2（phospholipase C gamma2，PLCG2）是上述6条细胞增殖信号通路的汇集点。PLCG2的表达受转录和翻译水平的双重调控，在大鼠肝再生中起重要作用。综上所述，本研究通过生物高通量检测结合网络原理和方法分析了大鼠肝再生中基因和蛋白表达变化预示的细胞增殖信号通路对细胞增殖活动的调节作用，为进一步探讨肝再生机理奠定了基础。