研究联程出行有利于充分发挥各种交通方式的比较优势,提高区域综合交通运营效率。本文依托国家自然科学基金重点项目《综合交通运输体系一体化交通分析技术》,对区域综合交通联程出行方式特征及方式选择建模进行深入研究。论文首先分析区域综合交通各交通方式特征,为后续问卷场景设置及属性水平值确定做铺垫。根据不同方式优势出行距离划分得到短、中、长距离联程出行场景,运用均匀设计的方法进行问卷设计,实施调查后剔除无效问卷,回收获得有效问卷3163份,对联程出行旅客特性进行初步统计分析。在SP问卷调查数据基础上,分别基于Multinomial Logit（MNL）、Nested Logit（NL）以及Mixed Multinomial Logit（MMNL）离散选择模型研究三种出行场景下旅客联程出行方式选择行为,定量分析个人属性、方案属性、联程出行习惯、出行态度（包含出行容忍度、交通方式满意度以及联程服务关注度）四大类因素对于出行方式选择的影响。其中MMNL模型评价最好,由于其考虑了某些关键变量的个人感知异质性,较NL及MNL模型具备更强的解释能力。选取表现最优的模型分析联程方式选择内在规律及机理,结果表明三种出行场景下,四种方案属性变量（市内交通时间、在途时间、总花费和换乘时间）均具有显著负效用,短距离场景下旅客更关注市内交通时间及换乘时间,随着距离增加,在途时间对旅客影响增大,而短、中距离场景下旅客对出行总花费较长距离敏感;同时个人属性变量、联程出行习惯变量及出行态度变量均对三种距离出行场景下联程出行方案选择具有不同程度的影响;基于旅客的不同偏好,分别在硬件设施、服务品质以及鼓励政策三个方面提出联程出行发展建议。最后基于交运之星TranStar综合交通版,以MMNL模型为内核设计联程出行交通方式预测模块,考虑到不同用户需求,包含工程实践简易预测和高精度预测两个功能,为联程交通方式预测的工程应用奠定基础。