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本文围绕菊花病毒和类病毒性病害,系统完成了对我国菊花病毒和类病毒性病害普查工作;建立了多重RT-PCR的检测体系同时检测番茄不孕病毒(Tomato aspermy virus, TAV)、菊花B病毒(Chrysanthemum virus B, CVB)、黄瓜花叶病毒(Cucumbber mosaic virus,CMV)、烟草花叶病毒(Tobacoo mosaic virus,TMV)、马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)、菊花褪绿斑驳类病毒(Chrysanthemum chlorotic mottle viroid, CChMVd)和菊花矮化类病毒(Chrysanthemum stunt viroid,CSVd);建立了 Real-time PCR的检测体系;并针对危害最为严重的CVB和CSVd进行了多重LAMP反应试验,建立了最优反应体系;并测定侵染菊花病原TAV和CVB的基因组序列,并进行同源性分析及遗传进化关系分析。研究结果如下:1.明确了侵染我国菊花的病毒共有5种,分别是CVB、TAV、CMV、TMV和PVY,类病毒CChMVd和CSVd 2种,未检测到先前报道在我国侵染菊花的TSWV和PVX两种病原。其中CVB和TAV是侵染菊花的重要病毒,侵染率达到26.55%和19.27%,其余3种病毒和2种类病毒侵染发病率较低,侵染率均低于5%。明确了 5种病毒和2种类病毒在我国的地理分布范围,菊花病毒和类病毒在不同地区的发生与分布存在一定的差异。CVB广泛分布在我国各个地区,在全部采集地都有检测到;TAV共在5个地区检测到,包括北京市,河南、黑龙江、江苏和陕西省;PVY在3个地区检测有发生,包括四川、云南和陕西省;CSVd在3个地区检测有发生,包括河南、江苏和广东省;CChMVd在江苏和四川有检测到发病,而CMV仅在云南有检测发生。2.建立了同时检测TAV、CVB、CMV、TMV、CChMVd、CSVd和PVY五种病毒和两种类病毒的多重RT-PCR检测方法。该方法可分别扩增出大小为852bp、634bp、593bp、425bp、399bp、354bp和218bp的目的片段,通过来自中国不同地区的菊花自然样本进行验证,表现出高可靠性和灵敏度。3.建立了 Real-time PCR 方法检测 TAV、CVB、CMV、TMV、CChMVd、CSVd 及 PVY体系,该技术具有高的灵敏性和特异性,在菊花总RNA浓度是100 fg/μL仍然可以高效特异检测这7种病毒或类病毒。4.建立多重RT-LAMP反应同时、高效检测菊花两种病原CVB和CSVd,提高了检测这两种菊花病毒性病原的效率。5.利用多对引物获得不同的目标片段,进行序列分析和拼接,最终获得TAV-Henan和CVB-Beijing。TAV 是三分体病毒,基因组全长分别是 RNA 1 3409nt、RNA 2 3097 nt、RNA 3 2222 nt。TAV-Henan分离物共有5个开放阅读框。序列分析表明,TAV-Henan与其他先前报道的TAV序列核苷酸一致性在98.2-98.6%、95.2-95.8%和94.0-98.4%,不同分离物间没有明显的地缘性差异;CVB-Beijing分离物,单一线性基因组全长为8965 nt。CVB-BJ分离物共有6个开放阅读框。通过比较可知该分离物与CVB-S中国分离物的一致率最高,达到89.1%;与CVB-Uttarakhand分离物的一致率最低,仅为67.41%。通过CVB全基因组系统发育树的构建可知,不同分离物间具有明显的地缘性差异。