今天我们已经步入了“创新生态系统”时代,创新范围从“封闭竞争”走向“开放合作”,创新组织从“一体化”走向“平台”,创新行为从“线性创新”走向“涌现创新”。此外,知识时代中愈发开放的市场开放、日益复杂的高科技以及创新资源的愈发稀缺性使得任何企业的创新过程都难以独揽全部的创新活动,这就不仅需要关注企业内部的创新行为,还要兼顾同其他企业间的有效协同创新。再者,如今的商业竞争已从单个企业的竞争转变为供应链之争,并继而发展到生态系统之争,因此企业在进行创新时,必须从个体创新模式转向协同创新、链式创新模式,基于创新生态系统视角选择合适的合作伙伴,实现资源的整合与风险的规避,突破创新资源短缺的瓶颈,最终推进创新生态系统的可持续性发展、内生性增长、质量性转变。首先,本论文选择国内外典型的创新生态系统经典案例进行分析,从案例中初步总结基于创新生态系统的企业合作伙伴选择的影响因素。其次,对企业伙伴选择影响因素进行分析,其中包括企业个体要素、环境要素和网络要素。再次,从企业伙伴选择机制和企业伙伴选择路径两方面进行了分析与归纳,进一步丰富基于创新生态系统的企业伙伴选择机理的框架。而后增加中介指标和评价指标,提出因变量、中介变量以及评价变量之间的假设关系并构建相应的理论模型,运用结构方程模型的实证方法,对提出的假设进行拟合检验并修正。结果显示:创新主体、创新环境对知识转移效果有积极的作用;创新主体、创新环境、网络资源(社会资本)对企业创新绩效有积极的作用;知识转移效果对企业创新绩效有积极的作用;企业创新绩效对创新生态系统可持续发展水平有积极的影响;而网络资源与知识转移效果没有明显的关系。最后,结合分析结果,提出“夯实企业合作伙伴选择的载体支撑”、“强化企业合作伙伴选择的主体地位”、“深化企业合作伙伴选择的网络嵌入”的政策建议。