人类文明在步入工业时代以后,人类赖以生存的生态环境却遭到了日益严重的污染破坏。庆幸的是,各国政府和人民开始认识到生态环境的重要性,已经采取了一系列措施进行生态环境治理与防护。由于自然保护区对于自然生态系统的修复具有独特的功能,起着涵养水源、调节气候、保持水土、修复生物多样性的重要作用,因此越来越被世界各国认同。但是自然保护区的建立使当地居民丧失了原有谋生手段,牺牲了很多发展机会,所以必须对保护区居民进行合理补偿。生态补偿是通过调控手段来使经济与生态环境平衡发展的一种理念,符合可持续发展的要求。目前我国在自然保护区已经建立了生态补偿机制。自然保护区是典型的具有外部性的公共物品,因此对自然保护区生态补偿财政部门承担着不可或缺的重任。从财政的角度出发,政府可以通过运用财政支出政策来进一步完善自然保护区的生态补偿。本文主要涵盖了以下内容:首先,在研究大量资料的基础下,界定了我国自然保护区的含义和生态补偿的内涵,并对自然保护区生态补偿的运作机理进行了分析,而后,从自然保护区所具有的生态价值、外部性、公共产品特性出发,为政府参与自然保护区生态补偿提供依据,并阐述了对自然保护区生态补偿时应遵循的原则。其次,系统的分析了自然保护区生态补偿财政支出政策现状。这部分以自然保护区支出为主线进行了规模和结构两方面论述,并对现行财政支出政策下我国自然保护区的困境进行了分析。再次,在对我国自然保护区生态补偿的财政支出效率分析时,选取了相应的指标,利用31个省市2011年-2015年相关统计数据,采取Malmquist-DEA方法对我国自然保护区生态补偿的财政支出效率进行了系统的分析。并得出了相应的结论:虽然我国的财政支出政策对于自然保护区生态补偿产生了一定的效果,但是各地区的自然保护区生态补偿仍然存在着支出规模偏低和财政资金使用效率低下的问题,基于此和上文的现状分析,提出了我国自然保护区生态补偿财政支出政策存在的问题。此外,介绍了其他国家关于自然保护区生态补偿财政支出政策的成功实践,对这些国家的经验进行了总结借鉴,为后文完善我国自然保护区生态补偿财政支出政策开拓了思路。最后,依据上文的现状分析和实证分析,以及我国自然保护区生态补偿的财政支出政策存在的不足之处,在借鉴其他国家成功经验的基础上,提出了完善我国自然保护区生态补偿财政支出政策的对策建议。随着政府对于生态环境的日益重视,为了推动自然保护区的建设,必须通过完善财政支出政策来推动生态补偿机制的进一步发展,只有这样才能真正实现自然保护区的持续、稳定、健康发展。