中国共产党十六届四中全会第一次明确提出了“科学执政”这一执政理念,这是对党的执政规律的科学总结,是新形势下党的执政理念和执政方式的新要求。党的农村基层组织科学执政是党的科学执政系统工程的重要组成部分,党的农村基层组织实现科学执政,是贯彻落实科学发展观的必然要求,是加强党的执政能力建设的内在要求,是加快全面建设小康社会、构建社会主义和谐社会和建设社会主义新农村的重要保证。本文以科学发展观和中国共产党执政理论为依据,在理解和把握科学执政理念、方式的基础上,充分认识党在农村科学执政的重要性,客观分析党的农村基层组织的执政现状,总结其执政经验,找出其在执政过程中存在的问题及原因,并对这些问题及原因进行客观理性地分析同时,文章还从坚持科学执政理念,科学推进社会主义新农村建设和完善党的农村基层组织的执政体制和执政方式等三个方面对如何提高党的农村基层组织科学执政水平进行了有益的探索。