利用克隆测序技术检测牛MC1R基因的单核苷酸多态位点(SNP),分析该多态性与牛毛色表型关系,为遗传育种研究提供分子生物学依据,为其近缘种属基因的进一步研究提供理论基础。本实验采集了天祝白牦牛、九龙牦牛、麦洼牦牛、西藏牦牛、涪陵水牛和通江黄牛共计6个品种32个个体的新鲜耳组织并提取DNA,记录毛色表型,利用生物信息学方法对MC1R基因的序列进行分析,主要得出以下结论:1、本实验测定的牛MC1R基因,扩增片段全长1045bp,包含了完整的CDS区序列954bp,编码318个氨基酸,T、C、A、G的平均含量分别为22.9%(22.7%～23.1%)、35.8%(35.6%～36.0%)、15.0%(14.9%～15.2%)、26.3%(26.2%～26.4%)。A+T含量为37.9%,G+C含量为62.1%,A+T含量低于G+C的含量;2、在牛MC1R基因编码区序列954个位点中共检测到23个多态位点,占总的分析位点的2.41%,包括3个颠换(13.04%),19个转换(82.61%),1个缺失(4.35%)。七个跨膜功能域各自存在变异位点。其中单一多态位点(Singleton polymorphicsites)20个,占86.96%;简约信息位点(Parsimony informative polymorphic sites)2个,占8.69%;缺失1个,占4.35%。其中有12个位点的变异发生在密码子的第一位点,7个位点的变异发生在密码子的第二位点,4个位点的变异发生在密码子的第一位点;3、在32个个体中共发现14种单倍型,24个个体表现为纯合子基因型,8个个体表现为杂合子基因型;4、发现牛MC1R编码区126处存在一处特殊的SNP(单核苷酸多态性),我们所测6个品种32头牛此位置都为C,而GenBank注册的外国牛种(荷斯坦奶牛AF445641、AF445642、AF445646、NM174108)的序列为T;5、MC1R基因序列具有多态性,表现为4种等位基因:已见报道的E~+,e和本研究定义的M1,M2。野生型的E~+基因表现出多种毛色,对黑色毛色有显性作用;310处移码突变的隐性e等位基因因翻译出一个缩短了的失去功能的MC1R蛋白而表现或强或弱的红色毛色;C340A、G871A我们定义为等位基因M1,表现为全白或者全黑的个体;T663C我们定义为等位基因M2,他与C375T处分离的个体毛色表现为深灰色或者黑色;基于已经报道的4个等位基因和本研究中新定义的基因,检测到这些实验个体的特殊的变异位点具有更进一步研究的价值。