我国自2012年颁布《行政事业单位内部控制规范(试行)》(简称“内控规范”)以来,正式形成了一套符合我国行政事业单位特点的内部控制规范。但是自内控规范实施至今,我国行政事业单位仍然普遍存在预算的内部控制管理不善的现象,预算超支短支、突击用款的状况时有发生,如何改善行政事业单位的预算内控管理已成为单位需要反思的问题。加上一直以来政府对行政事业单位不断加大资金的投入,如何合理规划财政资金,如何对资金流向进行监控管理,这就对行政事业单位预算的内部控制管理提出新的要求。本文首先从研究背景、研究意义、研究内容与方法等几个方面对行政事业单位预算内部控制管理进行简要说明。接着,文章从研究理论入手,对内部控制概念的定义、国内外不同内控理论的选择进行了确定,也提出了使用全面预算管理理论以及业务流程再造理论作为理论基础,这些理论的结合使单位的预算管理更加科学有效。在案例分析部分,本文选取了在经济责任审计中审计结果显示预算超支的A事业单位作为研究对象,以单位内部的预算达成情况对比为起点,逐步拆解A事业单位预算流程各环节中存在问题,并进行问题的原因分析。并使用了专家打分法,邀请了政府内控专家对A单位预算业务内部控制进行基础性评价,罗列预算内控相关的问题点,再联合单位相关人员对具体的预算业务进行风险点分析,为下文优化措施的实施指明方向。最后,针对单位预算内控存在的问题,从全面预算管理与流程再造结合的角度提出优化设计路径的建议,以期对国内面临类似预算问题的事业单位提供参考借鉴价值。目前,许多的行政事业单位可以说还没有对预算的内部控制管理真正地重视起来,如何找到本单位的预算问题并进行实质性的预算内部控制管理的优化,对单位来说是一个新的课题。本文提出全面预算管理结合业务流程再造的优化方法,具备一定的实践意义,提供了一种预算内控优化的思路。