背景:在不同植物中，NBS-LRR编码基因（R基因）数量的变化非常大。在已经测序的植物物种中，黄瓜，甜瓜和西瓜基因组中抗病基因的数量非常少，分别只有70，71和55个。目前植物抗病基因数量低拷贝数的机制还不清楚。　　 结果:在本研究中，研究了来自8个葫芦科栽培物种以及一个野生物种的R基因。全基因组的抗病基因鉴定，系统分化分析以及兼并引物PCR分析表明，在葫芦科植物中，只有有限的抗病基因家族数量，我们手工注释了已经测序的黄瓜、甜瓜和西瓜中的抗病基因，发现有超过半数的基因是假基因，没有找到据有嵌合体结构的R基因家族，并且和预期一样，大部分尺基因在黄瓜的不同基因型中高度保守。同时，我们根据这些家族建立了葫芦科植物抗病基因的结构模型，可以方便今后葫芦科植物抗病基因的注释。然而，在野生型葫芦科物种栝楼中，发现了一个具有嵌合体结构的抗病基因家族。通过比较葫芦科植物和杨树及大豆基因组中的R基因，我们发现在葫芦科物种中频繁的丢失尺基因家族。并且，在葫芦科中，R基因在每个家族里的数目仅有杨树和大豆的三分之一。　　 总结:葫芦科物种中不仅抗病基因数目少，R基因家族数量也很少。导致葫芦科物种缺乏R基因的原因可能是丢失了一些R基因家族，以及缺乏复制。我们讨论了在不同物种中R基因拷贝数量变化的进化机制。