空肠弯曲菌噬菌体的分离鉴定及其初步应用

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空肠弯曲菌是革兰氏阴性微需氧细菌,是引起人类肠道疾病最常见的病原菌之一。近年来,由于抗生素的滥用,空肠弯曲菌对抗生素的耐药性一直在持续增强。世界卫生组织已将空肠弯曲菌列为重要的抗生素耐药细菌,迫切需求新型抗菌制剂。噬菌体是一种细菌病毒,它可以特异性识别并感染宿主细菌,在其体内大量复制,最终裂解杀死宿主菌。与抗生素相比,噬菌体产品具有使用简便、特异性强、增殖迅速、抗菌能力强等许多优点。本研究从鸡粪便和污水样品中分离筛选空肠弯曲菌噬菌体,鉴定噬菌体基础生物学特性和基因组特性。并探索空肠弯曲菌噬菌体最佳应用条件,初步评价噬菌体对空肠弯曲菌的消减效果。一、空肠弯曲菌噬菌体的分离和筛选以空肠弯曲菌NCTC11168为宿主菌,采用双层平板法,从1480份鸡粪便样品和污水样品中检测出244份阳性样品,其中粪便样品阳性率19.69%(189/960),污水样品阳性率10.58%(55/520)。经过筛选和纯化后,获得45株宽裂解谱空肠弯曲菌噬菌体。不同样品中噬菌体分离率和裂解谱差异明显,粪便样品(19.69%)噬菌体分离率高于污水样品(10.58%),但污水源噬菌体裂解能力强于粪便源噬菌体;活禽市场鸡粪便中的噬菌体分离率最高(43.46%),中小型肉鸡养殖厂鸡粪便中的噬菌体裂解能力最强;平养模式养殖的鸡粪便中的噬菌体分离率(36.74%)和噬菌体裂解能力均高于笼养(2.00%)和散养(7.00%)模式。裂解谱测定显示,45株噬菌体对于90株空肠弯曲菌分离株展现出了较强的裂解能力,其中对鸡源、人源、牛源空肠弯曲菌的裂解率分别为60.71%(34/56)、76.19%(16/21)、75.00%(6/8)。进一步分析裂解谱数据后,筛选出9株裂解谱不同的噬菌体CP7,CP13,CP15、CP23、CP32、CP33、CP35、CP39 和 CP47,其中 CP39 裂解率最高(53.33%),CP47裂解率最低(32.22%),CP7裂解谱与其它8株噬菌体差异最大,9株噬菌体组合后裂解率从最低的32.22%提高到70.00%。二、空肠弯曲菌噬菌体CP7和CP39生物学特性鉴定为深入了解空肠弯曲菌噬菌体基本生物学特性,明确噬菌体遗传背景和基因组特性,选取噬菌体CP7和CP39进行裂解谱测定、形态学鉴定、最佳感染复数测定、一步生长曲线绘制、热稳定性、酸碱耐受性以及基因组酶切分析等生物学特性鉴定。同时对噬菌体CP39进行了全基因组测序和功能注释,比较CP39与其它弯曲菌噬菌体的进化关系。经透射电镜观察,噬菌体CP7和CP39属于肌尾噬菌体,均具有典型的弯曲菌噬菌体终端泡和空头。噬菌体CP7和CP39基因组大小相似,约为140kb,均属Ⅲ组弯曲菌噬菌体,基因组均能被限制性内切酶HindⅢ、HhaⅠ、DraⅠ、EcoRV和Taq Ⅰ切开,其他限制性内切酶均不能消化。噬菌体CP7和CP39对pH耐受性较强,在pH值为3和12的环境中仍具有较高效价。噬菌体CP7和CP39最适宜温度均在50℃以下,但是CP7对高温的耐受性强于CP39。噬菌体CP7和CP39的潜伏期均为45min,CP7的裂解期120min,裂解量为354/cell,CP39的裂解期约60 min,裂解量为177/cel1。基因组测序显示,噬菌体CP39全基因组大小为130.715kb,G+C含量为26%。CP39全基因组共包含有168个ORF和3个tRNA,其中54个ORF功能已知,114个ORF为假想蛋白表达序列。通过主要衣壳蛋白构建进化树与现有的11株弯曲菌噬菌体比对分析发现,噬菌体CP39与Ⅲ组噬菌体在同一簇中,与噬菌体vB_CjeM_Los1在同一分支中;与Ⅱ组弯曲菌噬菌体亲缘关系较远。噬菌体CP39全基因组分析未发现携带抗生素耐药基因和毒力基因。三、空肠弯曲菌噬菌体CP7和CP39初步应用鉴定了噬菌体CP7和CP39基本生物学特性后,通过多个单因素实验,探索噬菌体的最佳使用条件,分别摸索出噬菌体最佳作用时间为4h,最佳使用效价为1×1010 pfu/ml,最佳作用温度为25℃。在此基础上,测定噬菌体对鸡粪便样品中的空肠弯曲菌消减效果。消减实验结果表明,噬菌体对弯曲菌的消减量在1-5log之间。200份样品中,37.5%(75)的样品消减量在5 log左右,弯曲菌平均含量降至0.15 lgcfu/g;57.0%(114)的样品消减量在2 log左右,弯曲菌平均含量降至3.46 lg cfu/g;5.5%(11)的样品消减量在1 log左右,弯曲菌平均含量降至4.71 lgcfu/g。
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