中国现有的六种犬科动物中狼和豺最为稀有,狼为犬科犬属,豺为犬科豺属。研究表明,动物肠道内食物的消化与肠道内的微生物存在相互密切的关系,对随后的信号传导和能量物质代谢以及免疫力都起着至关重要的作用。21世纪已经成为生物的世纪,而肠道菌群在这其中也发挥着无可替代的作用。近年来,分子生物学、二代测序技术及生物信息学高速发展,人类已经基本了解了动物肠道微生态的结构,研究者通过传统方法对狼和豺的肠道微生态进行报道,但是其技术的限制不能准确的揭示其内部多样性结构,而基于二代测序技术对豺、狼和家犬动物微生态的研究未见报道。本研究选取豺、狼和家犬作为研究对象,通过二代测序—Illumina高通量测序的方法对其肠道微生态进行初步探究,试图揭示和报道豺、狼和家犬肠道微生态,探讨其影响因素。本文通过对分别采自中国内蒙古、江西的狼八只,家犬四只,豺三只共十五只犬科动物进行消化系统菌群16S rDNA片段进行深入探究,共获得超过850000条非嵌合体细菌的16S rDNA序列。以97%的相似度,将这些序列划分成若干个OTU。将预处理后的序列与细菌数据库进行比对,结果显示:犬科动物肠道菌群具有多样性的特征。狼的菌落结构为12个门27个纲48个目101个科197个属,家犬的菌群结构为12个门24个纲45个目93个科和183个属,豺的菌落结构为16个门36个纲64个目135个科和263个属。两种犬科动物主要的门为:厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、无壁菌门(Tenericutes)、放线菌门(Actinobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、Elusimicrobia、黏胶球形菌门(Lentisphaerae)、异常球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus)。其中厚壁菌门、拟杆菌门、梭杆菌门和变形菌门占据大部分的菌落,为其优势菌,其余还存在大量无法鉴别的序列,还需要进一步的探究。进一步的消化系统菌落多样性分析结果显示:狼和家犬肠道菌群存在较明显不同。家犬肠道菌群丰富度高于狼,而家犬的肠道菌群多样性却低于狼的肠道菌群多样性,产生此差异的最可能原因为食物的不同导致菌群的结构调整。狼和豺的肠道菌群存在种间差异性。菌落种群丰度和多样性方面,狼都低于豺。地域环境影响本研究对象的肠道菌群。本研究中,尚存有着大量的未知序列。所以,当今高通量测序的一个弊端为参考数据库数据的缺少,也预示着犬科动物肠道中存在着大量的未知的优质菌群,需要我们进一步的研究与挖掘。本文的数据为狼和豺等野生动物保护提供了基础数据,同时也为后续对野生动物的保护和利用提供了科学依据。