玉米(Zea mays L.)是重要的粮食与饲料作物,在农业生产与经济发展中占有重要地位,研究玉米自交系的遗传特征有利于解析其遗传多样性,并为种质改良与育种提供基础。本研究利用包含56110个单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)标记的MaizeSNP50 BeadChip分析了240份中国常用玉米自交系的基因型,包括3个骨干亲本丹340、Mo17与黄早四及其衍生系。主要研究结果如下：在B73基因组上仅有1个匹配位点的40757个SNP成功地进行了基因型分型,其平均间距为50 Kb。利用稀有等位基因频率(Minor Allele Frequency, MAF)大于0.200的4000个高质量SNP将240份玉米自交系划分成了5个亚群,即Lan、LRC. PB、Reid 和 SPT。在连锁不平衡(Linkage Disequilibrium, LD) r~2小于0.100水平下,玉米10条染色体的平均LD衰减距离差异较大,分布于397 Kb到819 Kb之间,平均衰减距离643 Kb。在r~2<0.100水平下,根据同源传递片段(Identity By Descent, IBD)所在染色体平均LD衰减距离与IBD所在染色体区域LD衰减距离,丹340、黄早四与Mo17衍生系中分别检测到26、35和23个IBD。同时,基于3个衍生系群体,分别在控制穗行数的数量性状位点(Quantitative Trait Locus, QTL) qkrn7、控制甘蔗花叶病毒抗性的QTL scmvl和控制丝黑穗病抗性的QTL qHS2.09内检测到了Tajima’s D的低峰。本研究结果为玉米杂种优势群划分与重要农艺性状遗传结构解析奠定了基础。