为保证我国科研活动的蓬勃开展和科技实力的飞速提高，我国政府一直在加大对科技项目的资金投入，为各领域的科研活动提供良好的资金支持。虽然国家推出了越发完善的法律法规，但对于科研经费的管理使用，却出现层出不穷的各种问题。科研单位作为我国科技队伍的主要组成力量，必须严格规范和加强对科研经费的管理。因此，本文将内部控制理论与转制型科研院所A研究院的科研经费管理模式相结合，希望在理论上为科研单位的经费管理制度提供借鉴依据，并从实际上改善A研究院科研经费管理内部控制中存在的问题。本文主要运用调查研究法、比较研究法、文献综述法和案例研究法等相结合的方法，基于内部控制理论，以转制型科研单位A研究院为例，通过在A研究院实习时搜集的相关资料和数据，以及前人在科研经费管理方面的研究情况，对A研究院科研经费管理内部控制的现状进行分析，进而对其科研经费管理在申请过程、使用过程和决算过程等各环节中内部控制存在的问题进行研究，着眼于事前防范、事中控制和事后监督，以构建科研经费管理内部控制的实施平台为重点，从内部环境、风险评估、控制活动、信息与沟通和内部监督等方面提出改进建议，以期能够对科研单位项目经费的有效管理提供参考。