中药是中国古文明中的精华，不但源远流长，而且具有其独特的理论体系和数千年历史积累的丰富临床经验。中药产业也是我国在国际上具有得天独厚优势的传统产业。与化学合成药物和现代生物技术药物相比，中药具有风险小、成本低、临床实践成熟等显著的优势。一些发达国家利用我国中药理论和西药理论的重大差异，窃取使用我国的中药技术资源，还以申请专利的方式掠夺我国中药产业的经济利益，造成中药专利权益的大量流失。为健全专利法律体系，促进中药的专利保护，保护中药专利权益，笔者针对中药专利侵权难以认定的问题，提出利用中药指纹图谱等现代化手段和有效部位理论来认定中药专利侵权的建议，针对我国中药企业国际市场专利权益流失的问题提出制药企业设立专利保护专门机构的建议。文章共有四个部分：首先，对中药专利保护的适法性进行了分析，阐述了中药专利保护与中药保护的一致性。其次，论述了目前我国中药专利保护的现状以及现存问题，重点分析了中药专利申请障碍问题、中药专利保护与行政保护冲突问题、中药专利侵权难以认定问题以及影响中药专利保护的一些其他不利因素。再次，通过借鉴美、德在类似中药药品的专利法律保护实践，结合TRIPs协议中相关的专利保护内容，为我国专利法律体系的完善提供了参考。最后，针对前文提出的中药专利保护现有的问题，从完善中药专利申请制度、协调专利保护与行政保护、利用技术手段认定中药专利侵权以及加强管理克服其他不利因素这几个方面，有针对性的提出改良和完善的建议。