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为完善河北省林木良种审定的SSR鉴定技术体系,本研究利用以PCR技术为基础的简单序列重复(Simple Sequence Repeats,SSR)DNA分子标记技术,建立了 16个树种的SSR鉴定技术体系,对2017-2019年河北省拟审定品种进行了总结。并以木槿品种‘蓝莓冰沙’为试样,分析得出其茎、叶、花不同器官转录组之间的差异,且基于转录组测序技术对木槿品种进行SSR引物开发。主要研究结果如下:1.建立了 16个树种的SSR分子标记技术体系,筛选出多态性良好的250对引物,对72个拟审定品种进行鉴定。以3种不同类型对2017-2019年拟审定品种进行分类(杂交品种21个,选育品种46个,芽变品种4个),探索出SSR分子标记较适用于杂交和选育品种的鉴定,芽变品种的鉴定需结合芽变性状,且对每种类型进行分析。结果表明,杂交品种的鉴定指定父母本时鉴定工作更易进行;鉴定选育品种时,品种间亲缘关系远近决定鉴定难易程度和准确性。统计2017-2019年拟审定品种的数据,72个拟审定品种包含经济类树种65个,观赏类树种7个。其中蔷薇科40个,鼠李科18个,葡萄科8个,无患子科、柏科、小檗科、卫矛科、杨柳科、忍冬科各1个。由此可知,近年来品种送审存在以下规律:经济类树种多,观赏类树种少;蔷薇科最多,鼠李科次之;选育品种较多,杂交和芽变品种较少。2.应用转录组测序技术对木槿品种‘蓝莓冰沙’花、茎和叶3个样本进行测序。3个样本两两比对,每个比较组合差异基因总数为:花vs茎(21963),茎vs叶(23199),花vs叶(27311)。为了了解这些差异表达基因所参与的代谢活动和作用,对其进行GO富集和KEGG富集,经GO功能富集分析,每个比较组合中51%以上的差异表达基因都集中在分子功能(molecular function)这一部分,经KEGG功能富集分析,三个比较组合中,差异最显著的Pathways均为光合作用(Photosynthesis),因此对差异表达基因进行分析,筛选得到15个与光合作用相关的基因。3.对木槿不同组织的转录组数据进行比较,发现在木槿花组织中获得Unigene数最多(61665),茎组织次之(57108),叶组织最少(53648)。比较三者SSR位点数,也存在同样规律,花组织最多(10381),SSR发生频率14.39%,茎组织次之(9411),发生频率14.24%,叶组织最少(8752),发生频率13.99%。三个组织转录组SSR均包含了6种重复类型,即单核苷酸到六核苷酸重复,其中单核苷酸重复类型均占主导地位。叶组织中重复模序种数最多(205),茎组织中最少(201)。综合三个组织的转录组数据,利用Primer 3.软件设计引物,从中筛选出60对进行验证,有效扩增率为81.67%(49对),多态性引物比例为16.67%(10对)。利用多态性较好且扩增条带清晰的10对引物,对来自石家庄地区的15个木槿品种构建DNA指纹图谱和遗传信息二维码,为后续木槿的相关研究提供一定的参考和借鉴。