随着科学技术的发展，技术创新在区域经济发展中正发挥越来越重要的作用。合作创新成为目前区域创新能力提升的重要环节。大学、企业之间的合作创新成为提高企业核心竞争力的有效途径之一。 基于目前大学-企业合作创新的研究现状，本文运用技术创新、交易费用等理论，分析了大学-企业合作创新的主体行为特征及行为准则确立问题，研究了大学-企业合作的相互作用机制，构建大学-企业合作创新的理论框架，并通过计算机仿真和案例分析等实证手段阐明了大学-企业合作创新影响因素及作用规律，提出促进大学-企业合作创新的政策建议。论文的主要内容及相关结论如下： 论文首先从技术创新理论出发，运用系统的观点分析大学和企业这两类追求不同利益的组织形式的利益取向、行为特征。研究两者之间合作关系和合作过程，以及政府等其他主体和环境对校企合作创新的影响规律。研究表明大学-企业合作创新是一个极其复杂的系统，其中包括企业、大学、政府、中介机构等具有不同性质的主体，这些主体之间及主体与外部环境之间相互交流、相互作用，共同完成新技术和新产品的创造过程。大学-企业合作创新系统的运行机制包括动力机制、决策机制、反馈机制、保障机制等4部分。 其次，论文以交易费用理论、委托代理理论、动态博弈理论等基本理论为支撑，对校企合作创新中的主体选择、模式选择、收益分配等三大机制问题进行深入的研究，找出影响合作机制的变量，以及它们之间的相互关系，最终建立校企合作创新机制分析的量化模型。合作创新的主体选择研究表明，应用技术因子等4个一级因素和14个二级因素的指标体系可以表征伙伴选择的因素与方法。大学和企业可以以最优主体选择适应自身发展。通过冲突理论的分析可以发现，面对创新方式、创新风险和创新成本等不同背景，从局势稳定性的角度，高校最希望选择的合作方式是直接转让科研成果，而企业更倾向于通过共同研究的方式参与合作创新。大学-企业合作创新的动态博弈研究表明，大学选择接受企业的合作要求始终是其占优策略；但是对于企业来说，合作方式的选择取决于研发和转化成本的大小。当一项技术成果的研发成本较高、转化难度较大时，企业往往会选择直接转让的方式，以实现优势互补、资源共享、节约成本的目的。利用夏普利值法和委托代理模型求解不同合作模式的研究表明，大学和企业的合理收益直接影响着双方合作的长期性和稳定性。合作创新利益分配与研发人员的努力程度和收益分配系数等变量有着密切的关系。 第三，大学-企业合作创新是一个复杂的适应系统，具有自组织功能，能适应外部环境，各主体依据一定的规则相互作用不断加强，主体之间的线性关系经过叠加成为远离平衡态的非线性关系，出现整体涌现现象。运用系统动力学的仿真模型可以看到，在大学-企业合作创新的整个过程中，其合作成功率遵从一定的规律，其中创新合作收益分配比例对创新合作以及创新合作的稳定时期对创新合作产生一定的影响。 利用Repast软件对大学．企业合作创新系统的仿真研究表明，在选择合作伙伴过程中沟通因子对合作成功率有重要的影响，而技术因子却是对平均信任度影响最大的因素。 最后，论文全面整理了国内外对于促进大学-企业合作创新的各项政策，并在此基础上结合本文的研究结论提出了促进大学-企业合作创新的政策建议。 综上所述，本文通过模型、模拟等方法对大学-企业合作创新的机制问题进行了系统深入的分析和讨论，本文的研究工作将有助于我国大学-企业合作创新理论体系的建设和完善，同时对政府制定促进大学-企业合作创新的政策提供了有意义的参考。