自2012年我国全社会研究与试验发展经费投入首次突破万亿元大关以来，我国的科研经费投入依旧呈持续增长的态势。在这样的宏观背景下，如何加强和完善科研经费的管理，如何评价科研经费使用的经济性、效率性及效果性成为了政社及社会公众关注的焦点。本文通过采用文献资料、统计调查、案例分析、实证分析等多种研究方法，针对云南NZ职业学院科研经费的管理及使情况，从绩效审计的视角出发，运用沃尔评分法构建高职院校科研经费绩效审计评价指标体系，对高职院校科研经费使用的合规性、经济性、效率性、效果性进行了分析研究。针对其存在问题，提出了云南NZ职业学院在加强科研经费预算编制的同时，应进一步完善学校内部收入分配制度，制定科学合理的科研成果转化奖励制度，鼓励科员人员提高科研经费的产出效益。最后，高职院校还需要建立健全科研经费监督制度，以确保科研经费的合理使用。本文从绩效审计的视角对云南省高职院校科研经费的管理及使用也进行了研究，对推动高职院校科研经费管理制度的完善和创新，推进科研经费全面开展绩效审计，具有一定的借鉴意义。