我国自然保护区在保护生物多样性、满足科学研究和公民精神文化需求等方面做出了巨大贡献，自然保护区建设对维护国家生态安全、实现经济的持续发展和自然资源的永续利用具有重要意义。在我国进入经济社会发展新时期，强调建设生态文明的大背景下，自然保护区作为生态文明建设的缩影，加强对其管理与保护可以为生态文明建设发挥良好的示范作用。而引入公众参与原则指导自然保护区管护，已在世界范围内得到广泛推广和认可，这是可持续发展的要求，也是生态文明建设的应有之义。本文旨在以环境法公众参与原则为指导研究我国自然保护区法律制度，通过剖析现行保护区立法及制度运行中的问题，提出了相应的完善措施。自然保护区法律制度研究的前提是对现行制度进行有效梳理。我国自然保护区数量不断增加，规模逐渐扩大，目前保护区占地面积约为国土面积的15%。我国自然保护区已初步形成了以《自然保护区条例》为核心，以其他单行法律法规为补充的的自然保护区立法体系。在总结自然保护区发展现状及立法体系的基础上，本文指出由于缺乏环境法公众参与原则的有效指导，我国保护区现行立法存在诸如立法指导思想滞后、对居民权利和违法责任规定不清、未建立利益协调制度、管理模式滞后等缺陷。我国自然保护区采取分级管理与分部门管理的管理体制，并采取多部门交叉监督的监督机制，这一现状造成了我国自然保护区管理体制及运行机制中存在诸如管理手段单一即通常仅采用行政手段、缺乏监管部门等问题。自然保护区法律制度的发展与完善需要以公众参与原则为指导。公众参与原则以环境共有与公益信托、环境权理论及环境公平理论为基础，该原则在促进环境民主、实现环境公平与效率、提高公民环境保护意识等方面具有重要价值。公众参与原则的引入可以克服我国自然保护区立法及管理制度和运行机制的缺陷，有助于改变自然保护区立法指导思想、提高当地居民环保意识，可以缓和自然保护区与周边社会发展的冲突，有利于建立多渠道的经费筹集方式，推动建立社区共管制度，转变自然保护区管理方式，促进监督机制的完善。自然保护区法律制度完善的重要内容之一为建立公众参与制度。我国保护区发展亟需制定高位阶的保护区基本法，公众参与制度的建立作为保护区管护改革的重要方向，必然应在保护区基本法中着重体现。完善我国自然保护区法律制度首先要扩大参与主体的范围，充分调动公众、社会团体参与的积极性。公众参与的范围也应扩大至立法、行政、司法各个环节，法律应赋予公众充分的环境信息知情权，在此基础上保障公众参与到自然保护区环境立法、行政决策、行政执法和司法救济全过程。在明确自然保护区参与主体和参与事项范围后，保护区具体制度的的构建就成了立法工作的重中之重，公众参与原则要求为实现自然保护区与当地社区的可持续发展，应建立社区共管制度，扩大管理主体，为公众参与创造程序保障。自然保护区的建设与发展应充分考虑公众权益，明确资源权属，禁止因非正当理由剥夺公众环境权益，应确立合理的保护区权属流转制度。自然保护区的建设与规划不应将当地社区居民排除在外，否定其生存权利，应将当地居民作为自然保护区居民的生态消费者，在提高其环保意识的前提下，为其树立科学的生态消费观念，以可持续发展观为指导促进公众资源权利的实现。建立保护区资金投入制度，要求拓展资金来源途径，鼓励社会捐赠，倡导公众投资，完善生态补偿制度，设立生态补偿基金，从而缓解保护区经费压力，实现社区与保护区的和谐发展。